ISMae4

  • Family IS5
  • Group ISL2
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
AJ577140 ND Microcystis aeruginosa
Microcystis aeruginosa NIES-843
Microcystis aeruginosa PCC 9354
DNA section
IS Length : 1218 bp

Ends


IR Length : 25/32

IRL : AGACCTCTTGCATAATTTTTTTATGGTATAATATAAGGTTTTGCTTTTTT
IRR : AGAACTCTTGCAAATTAATTATATGTTATAATGATGGGTTAACTAATTTT

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
TTTAGTGGATATTGATAGCTTAA3
TTATCAACTCTTTCAATCTTTCC3
GGTGTCTATAATTCTATGATGGG3
TGGTTGTTTAAATGAGTTAGGCT3
TTTTAGGAATATTGATTAGTTTA3
CAGGGATTTTAATATTATTCTGG3
TTTCAACTATATTGTCAAAGAAA3
GAGTTTTTAGTTTATTGTTTACT3
GTGCGGATATATTGTAAACTATC3
TAAATAATTAACTGAAAGTCCCT3
GAAATCTAATAATAATTAGGAGT3
AGGAAAAAATAATGAGAGAATTT3
GTTAGACTGCAATATCGTGAGGT3
ATACTCGTTAATTGTAGTTAAAA3
AAATTGTTTTATTCAAGATTGCC3
ATAACAATACTTTTAAGTCCTAA3
GGCGTTAAAAATTATCAAATGCC3
CGATTTGGATACTCAACTGCTAA3
GGAGATGTCTATTGATTACTAGC3
TGTACTCAATAATAAAGGTGTTC3
AAGGTAGATCAGACAGTGATGCA3
GCCCTCCAATAATGTTGCTTGTG3
TCTATCTTTCTCTAAAAAAATGG3
CAAAAAAGAGATATAAAAAAACA3
GGCTAAGTATAATATTTGCC0
TCTTTTCAAAAATAATGGTC0

DNA sequence

AGACCTCTTGCATAATTTTTTTATGGTATAATATAAGGTTTTGCTTTTTTCTCAATTCTTAGATTGAAGTGGAAAAAAGAATAAAATGTGATCTTAGGTC
AGGAAATCATCTATAATTTTGCTATGTTTATTAGCAAAATTATGGATTATCAAAACTTATCAGATGAACAATTCAAACGCCGTTTCGGTGTGTATAAACA
AACATATAGAAAGATGGTAGAATCAGTAAAAAGTGTTGAAGCCGACTCTAATTCACCATCTAAAAGGGGACCGAAACCTAAACTATCTATAGAAGAACAA
GTTTTAGTAACGTTAGAATATTGGCGAGAATATAGAACATATTTTCACATTGGTACAAGCTGGGAACTATCAGAATCAACTATATGTCGGATTGTAAATA
AGACGGAAAAAATGCTTTTACAATCGGGAAACTTCCGTTTAAAAGGAAAAAAAGCTTTACTCAATCAAGCAGAGATACCGGTCATAACGGTAATGGATGT
AACGGAAACTCCCATTGAACGCCCCCAAAAGAAACAGAAAGATTTTTTTTCGGGTAAAAGAGGTTATCATACTTTAAAATCCCAATTAGTAGCTGATCAA
AATACAGAGGAAATTATCTGTGTCTTTTGTGGGAAAGGTAGAGGTCATGATTTTAGTTTATTTAAAAAAAGTCGAGTTCGTTTTCATCCTTTAACTACCA
GCATAGAAGACAGTGGTTATCAGGGAATAGCTGCATACCATAGTAATAGTTATACACCGAAAAAGAAATCGAAAAATAGAAAATTAACAGAGTTAGAAAA
AGAGTATAACAAGGCTTTAGCCAAAGAAAGGATTATCATTGAACATATAAATAGGAAACTCAAAATCTTTAAAATCTTATCCTGTAAATATCGGAATCGT
CGTCGAAGATATAGTTTAAGAGTTAACTTGTTGGCGGCTATTTATAACTGTGAGTTAGGGATAGGTATAGCAGCTTCCTAAAAGTTGCCTAAAGATTAAT
CAAGTCAAGGAGAATTTATTCTCAATTTTTATAATTGAGATAGTTTGTGCCGCTTAAATAAAGAGGTTTTGATAACCAAATTAAAGCAGCTCTAAAGAGT
TTTGAGTTAAAAGTTAAACTTCAAGTTTTCATTCAGGACGAATGTACTGATTAACTAATTTTTTTGGGAAAATTAGTTAACCCATCATTATAACATATAA
TTAATTTGCAAGAGTTCT
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
858 bp285 aa124981+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MFISKIMDYQNLSDEQFKRRFGVYKQTYRKMVESVKSVEADSNSPSKRGPKPKLSIEEQVLVTLEYWREYRTYFHIGTSWELSESTICRIVNKTEKMLLQ
SGNFRLKGKKALLNQAEIPVITVMDVTETPIERPQKKQKDFFSGKRGYHTLKSQLVADQNTEEIICVFCGKGRGHDFSLFKKSRVRFHPLTTSIEDSGYQ
GIAAYHSNSYTPKKKSKNRKLTELEKEYNKALAKERIIIEHINRKLKIFKILSCKYRNRRRRYSLRVNLLAAIYNCELGIGIAAS

 

Blast result :
Comments
ISMae4 is 67% aa similar to IS702.
ISMae4 was isolated as an insertion into the gvp genes to produced spontaneous GV-deficient mutants.
References
1] Mlouka,A., Comte,K., Castets,A.M., Bouchier,C. and Tandeau De Marsac,N. (2004) J. Bacteriol. 186 (8), 2355-2365