ISMbov1
- Family IS30
- Group
Isoform ISMag1Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
AJ564386 | ND | Mycoplasma bovis | Mycoplasma bovis isolate 2610 |
DNA section
IS Length : 1521 bp
Ends
IR Length : 19/26
IRL : TATTCATTAACAAAGCAAAAAGCACCACAAGTTAACTTGCGGCGCTTTTT
IRR : TATAAATTCTTAAATTAAAAAGCACCTAATTTGAGTATTGGAAAAATAAT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|
DNA sequence
TATTCATTAACAAAGCAAAAAGCACCACAAGTTAACTTGCGGCGCTTTTTGTTGCCTTTTGTTAAAATTTGAGTATTGAATTAAAAAAAAGAAAGGCTTT
TACATTATATATGATTAGCAATGACAAAAATACTAGTTATTCAACTGACCTATGCTTGCTTAAAAAGAAATTAAATGTGCACGGCAAGTACAAGTTTAAT
TATGTACATTATGTAATTGATGAAACGAATTGAGATGAAATATTGACCAAGTCAAATCACAAAACCAATAAAAATAACATTAGCCCGTTGAGACTTAAAG
AAATTCTTGAAAGGCTAATTGCAGGCTATGATATGAAAACTGTTTCTAATATTGTGGGATTTAAATCAAGATCAATTTATAACTTATTTGACAGAATTAC
AATTGAAACAAAGCGTGGCTATGCTAAATACCAAAAGAAATGTAAATTGTGTGGTATGGACTTAAAAGGCAAAACAATATATGTAATTAGTGCTCTCAAA
TTTTTGAATTTAATTGAAACAAGACATGATTCAAAAAGATTAGAAAACAATTCTAAATTGCTTATGAAATACATTGACATTTTTAAGTTTTACAAACAGT
TACTGTACTTTTATTTGAAGAATAGAAATAGTTTTAACTTAGATAGTAAAGCTGTTAAACAGTCTGTGGCAAGCATTATTTTTAAATACATAAGAGAACT
AGAAGCACAGGGAAAACTTCAAAATTCATATGTTCCATCAGTTCAAAACTTTTACCGTATATTGGCTAAACATAGTGCTTTTGGTCTAAAATTAGATATT
CTTCCATATAAATCAAACGGCAAATATGGAAGTAGAACAACAGTAAAGCATGAGACAAAGAAAAAGACAATAGGCAAACTTATTACTGAACGTCCAGAAT
CAGTTAATTTAAGACTAAATGACAATGATTATGAAATGGACACTGTAATTGGTTTAAGATCTGACAATTATTGCATTCTTACATTAATCAACAGAAAATC
TAGAATGTTTTATTGCACGCTCTCTAGAAGAAATGCAAAAGCAATAAAAGAAAATTTGGAGAAATTAATTAAGGACAATAATCTTGTTATTGACACATTA
ACTATTGATAATGGAAGCAAAAATTACAAACTTCCAGAGATAGAATCAATCAAAGAAATTTTCCATTGTCATCCTTATTCATCATCAGAAAAAGGTAGCA
TTGAAAATGCTCACAGACTTTTAAGAAGATACATTCCAAAGGGAAAATCTATAGATAAATATGTTGGTCAAGATCTAAAACCAATAGCCGATTTTATAAA
TTCACATCCAAGAATTTATAAAGGTGTCTCAGGCTTTAAATGCGCTAAGCAAATGCAATAAAAATTAACATCAACACAAAATTTTGCACTTTTGAGTACT
CAAAAGTATCTTTTCTTTATTCTTTTTTTATGCTTTAGGCCATTTTCTTGTCAGAACCACCAAAAATTGGTATTATTTTTCCAATACTCAAATTAGGTGC
TTTTTAATTTAAGAATTTATA
TACATTATATATGATTAGCAATGACAAAAATACTAGTTATTCAACTGACCTATGCTTGCTTAAAAAGAAATTAAATGTGCACGGCAAGTACAAGTTTAAT
TATGTACATTATGTAATTGATGAAACGAATTGAGATGAAATATTGACCAAGTCAAATCACAAAACCAATAAAAATAACATTAGCCCGTTGAGACTTAAAG
AAATTCTTGAAAGGCTAATTGCAGGCTATGATATGAAAACTGTTTCTAATATTGTGGGATTTAAATCAAGATCAATTTATAACTTATTTGACAGAATTAC
AATTGAAACAAAGCGTGGCTATGCTAAATACCAAAAGAAATGTAAATTGTGTGGTATGGACTTAAAAGGCAAAACAATATATGTAATTAGTGCTCTCAAA
TTTTTGAATTTAATTGAAACAAGACATGATTCAAAAAGATTAGAAAACAATTCTAAATTGCTTATGAAATACATTGACATTTTTAAGTTTTACAAACAGT
TACTGTACTTTTATTTGAAGAATAGAAATAGTTTTAACTTAGATAGTAAAGCTGTTAAACAGTCTGTGGCAAGCATTATTTTTAAATACATAAGAGAACT
AGAAGCACAGGGAAAACTTCAAAATTCATATGTTCCATCAGTTCAAAACTTTTACCGTATATTGGCTAAACATAGTGCTTTTGGTCTAAAATTAGATATT
CTTCCATATAAATCAAACGGCAAATATGGAAGTAGAACAACAGTAAAGCATGAGACAAAGAAAAAGACAATAGGCAAACTTATTACTGAACGTCCAGAAT
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TTCACATCCAAGAATTTATAAAGGTGTCTCAGGCTTTAAATGCGCTAAGCAAATGCAATAAAAATTAACATCAACACAAAATTTTGCACTTTTGAGTACT
CAAAAGTATCTTTTCTTTATTCTTTTTTTATGCTTTAGGCCATTTTCTTGTCAGAACCACCAAAAATTGGTATTATTTTTCCAATACTCAAATTAGGTGC
TTTTTAATTTAAGAATTTATA
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1029 bp | 342 aa | 333 | 1361 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MKTVSNIVGFKSRSIYNLFDRITIETKRGYAKYQKKCKLCGMDLKGKTIYVISALKFLNLIETRHDSKRLENNSKLLMKYIDIFKFYKQLLYFYLKNRNS
FNLDSKAVKQSVASIIFKYIRELEAQGKLQNSYVPSVQNFYRILAKHSAFGLKLDILPYKSNGKYGSRTTVKHETKKKTIGKLITERPESVNLRLNDNDY
EMDTVIGLRSDNYCILTLINRKSRMFYCTLSRRNAKAIKENLEKLIKDNNLVIDTLTIDNGSKNYKLPEIESIKEIFHCHPYSSSEKGSIENAHRLLRRY
IPKGKSIDKYVGQDLKPIADFINSHPRIYKGVSGFKCAKQMQ
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Blast result :
Comments
ISMbov1 is 94% aa identical and 98% aa similar to ISMag1
References
1] Vilei E.M (2004) Direct submission GenBank