ISMbov2
- Family IS1634
- Group
Isoform ISMmy1Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
AJ536157 | ND | Mycoplasma bovis | Mycoplasma bovis isolate 2610 |
DNA section
IS Length : 1671 bp
Ends
IR Length : 30
IRL : TTAAAAAATTCCCAATTTTGGACACTATATAATTTTAATAATTTACTAAA
IRR : TTAAAAAATTCCCAATTTTGGACACTATATTTTTAAAATAGACTTCAATT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|
DNA sequence
TTAAAAAATTCCCAATTTTGGACACTATATAATTTTAATAATTTACTAAAAAATTCTTATTTTTGTCCATTAAATACATTAAATTATCTAAATAATTAAA
TTTTCTTAAATTTAGAGCTAAAAAAGCTCTATTTTTTGTTCAATTTCATTAAAGAAAAGTTTAAAAAATTAAAAATAGGTGGTAAAATAAATATACATGT
ATAGTGTTTAACACATAAAAAAGGAGATATAAAAATGGCCATTCCTAAAGACATATTAAAAATTCCAAGACCATCTAGTACCAGAGTAAAAGCAACCTCA
AAAGAAGGTATTTATAATGTTATACAAAGAACATCAATAAGAAAAAATGAAAAAATTATTCCTGTTGAAAAAGGAGTGATTGGAAAGATTATTAATGGTG
TTTTTCAAAGCATAGAAAAGCAAACATATGAAGTAGATATTAAATCATATGGTTTATTTGCGCTAAATGAAAAATTAAACAATCATATCTTTAGAGAACT
TTTAAATTTTTATGATTTTGAAGATGCTAGAAAATTATATGTTATAGCCTCTTTAAGAACTATGTTTTCAGATATTAAAAACGAACATTTAAAACATGAG
TATGATACAAATTTTATTTCTGAAATATACCCAAAATGTGCACTATCACCAAACACTATCTCAAGTTTTTTAGAGAAAATAGGTAAATCTAGTTCGAAGA
TGGAAGACTTTATGAATAAAAGATTAGAAGAGTTTTCAAACCACTCAATAGTTATTGATGGTATGTTGAAAAACAATACATCAGAAACTAACATTTTCTC
TGAAATGTCTAGAAAGTCTAGAACTAAAGGCGCTCAAAACTTAAACCTTATTTATGCTTATGATATTAATGCACAAGAACCTGTTGCAAGTTCTGTTTAC
CCAGGAAATATGCTAGATTACACTGCTTTTAGAGACTTTTTAAGAACTTATAAGATTAAAAATGGATTCTTAATTCTTGATAGAGGATTTGATGATAAAG
AATGTAAAAACTTAATGAGAGAAAAAAATATTAAATATTTAATGCCTATAAAAATAAATCATACTTTTAAAAAATTTAATTTAAAATCTGGATTTAATTT
CACTTTTACCTATGATGACGACACGATAAGAGCAAAGAAAATTATCATCAACAACAAATATTATCTTTGTTATAAATCAACCCTAACTGAAATGGTAGAA
AAGAAAAATTTCATAAGTCGTGCACACAAAAAAGGTGCGTATGATGAAATTAAATTACTAGAAAGAGAAAATCTTTTTGGATTAATAATTTTTGAGTGTA
ATTATGATTTGGACTTAAAAGATATTTATGTCGCATATAAAAAGAGATGAGAAATTGAATTGCTTTTTAAACAGTTTAAAAATGTGCTTGAACAAAACGA
AGCAAATGTTCAAGGAAACTATAGATTATTAGCAACTGAATTTATTAACTTTTTATCTTCAATTATGCTTTGCAGAATAAAAAACCACCTCTTAAATAGT
GGCGTTCTTGACAATAGAACAATTAGTGAAACTTTTAGATATTTATCGAAAATAATCAAGAAGAGAAAGTCTAGAAAAAGAGAAGAATGAGATGATGTTG
AAACATTAAAATATATTAAAGAATTGAAGTCTATTTTAAAAATATAGTGTCCAAAATTGGGAATTTTTTAA
TTTTCTTAAATTTAGAGCTAAAAAAGCTCTATTTTTTGTTCAATTTCATTAAAGAAAAGTTTAAAAAATTAAAAATAGGTGGTAAAATAAATATACATGT
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AAACATTAAAATATATTAAAGAATTGAAGTCTATTTTAAAAATATAGTGTCCAAAATTGGGAATTTTTTAA
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1413 bp | 470 aa | 235 | 1647 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MAIPKDILKIPRPSSTRVKATSKEGIYNVIQRTSIRKNEKIIPVEKGVIGKIINGVFQSIEKQTYEVDIKSYGLFALNEKLNNHIFRELLNFYDFEDARK
LYVIASLRTMFSDIKNEHLKHEYDTNFISEIYPKCALSPNTISSFLEKIGKSSSKMEDFMNKRLEEFSNHSIVIDGMLKNNTSETNIFSEMSRKSRTKGA
QNLNLIYAYDINAQEPVASSVYPGNMLDYTAFRDFLRTYKIKNGFLILDRGFDDKECKNLMREKNIKYLMPIKINHTFKKFNLKSGFNFTFTYDDDTIRA
KKIIINNKYYLCYKSTLTEMVEKKNFISRAHKKGAYDEIKLLERENLFGLIIFECNYDLDLKDIYVAYKKRWEIELLFKQFKNVLEQNEANVQGNYRLLA
TEFINFLSSIMLCRIKNHLLNSGVLDNRTISETFRYLSKIIKKRKSRKREEWDDVETLKYIKELKSILKI
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Blast result :
Comments
ISMbov2 is 98% aa identical and 99% aa similar to ISMmy1.
References
1] Vilei,E.M. (2003) Direct submission GenBank.