ISMag1
- Family IS30
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
AJ311887 | ND | Mycoplasma agalactiae | Mycoplasma agalactiae |
DNA section
IS Length : 1515 bp
Ends
IR Length : 20/26
IRL : TATTCATTAACGAAGTAAAAAGCACCACAAGTTAACTTGCGGTGCTTTCT
IRR : TATAAATTCTTAAAGTAAAAAGCACCTTTTTTGAGTATCGGAAAAATAAT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|
DNA sequence
TATTCATTAACGAAGTAAAAAGCACCACAAGTTAACTTGCGGTGCTTTCTGTTGCCTTTTTTTAAAATTTGAGTAACTAACTTAAAAAGAAAGGCTTTTA
AATTATATATGATTAGCAATGACAAAAATACTAGTTATTCAACTGACATATGCTTGTTTAAAAAAATAAATGTGTACGGCAAGTACAAGTTTAATTATGT
ACATTATGTGATTGATGAAACACATTGAGATGAAATACTAACTAGGTCAAATCTCAAAACCAATAAAAATAACATTAGCCCATTAAGACTTAAAGAAATT
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TATCTTTTCTTTATTCTTTTTTTACTCTTTTAGTCATTCACTTGTTAGAACTTCCAAAAATTGGTATTATTTTTCCGATACTCAAAAAAGGTGCTTTTTA
CTTTAAGAATTTATA
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TATCTTTTCTTTATTCTTTTTTTACTCTTTTAGTCATTCACTTGTTAGAACTTCCAAAAATTGGTATTATTTTTCCGATACTCAAAAAAGGTGCTTTTTA
CTTTAAGAATTTATA
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1029 bp | 342 aa | 328 | 1356 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MKTVSNIVGFKSRSIYNLFDRIKIETKRGYAKYQKKCKLCGMDLKGKTIYVISALKFLNLIETRNDSKRLENNPKLLMKHIDFFKFYQQLLYFYLKNRNS
FNLENKAVKQSVSSIIFKYIRELEAQGKLHNSYIPSVQNFYRILAKHSAFGLKLDILPYKSNGKYGSRTTVKHETKKKTIGKLITERPESVNLRLNDNDY
EMDTVIGLRSDNYCILTLINRKSRMFYCTLSRRNAKAIKENLEKLIKDNNLILDTLTIDNGSENYKLPEIEYIREIFHCHPYSSSEKGSIENAHRLLRRY
VPKGKSIDRYVGQDLKPIADFINSHPRIYKGISGFKCAKQMQ
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Blast result :
Comments
ISMag1 is 62% aa simialr to IS1239.
References
1] Vilei,E.M. (2001) Direct submission GenBank