ISMmy1

  • Family IS1634
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s) ISMmy1-A
Accession numberTranspositionOriginHost
AY036085 ND Mycoplasma mycoides
Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC
DNA section
IS Length : 1670 bp

Ends


IR Length : 29/30

IRL : TTAAAAAATTCTCAATTTTGGACACTATATAATTTTAATAATTTACTAAA
IRR : TTAAAAAATTCCCAATTTTGGACACTATATTTTTAAAATAGACTTCATTT

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length

DNA sequence

TTAAAAAATTCTCAATTTTGGACACTATATAATTTTAATAATTTACTAAAAAATTCTTATTTTCGTCCATTAAATACATTAAAATATCTAAATAATTAAA
TTTTCTTAAATTTAGAGCTAAAAAAGCTCTATTTTTTTTCCAATTTCATTTTAAAAAAGTTTAAAAAATTAAAAATAGGTGGTAAAATAAATATATATGT
ATAGTGTTTAACACATAAAAAAGAGATATAAAAATGGCCATTCCTAAAGACATATTAAAAATTTCAAGACCATCTAGTACTAGAGTAAAAACAACATCAA
AAGAAGGTATTTATAATGTTATACAAAGAACATCAATAAGAAAAAATGGAAAAATTATTCCTGTTGAAAAAGGAGTAATTGGAAAGATTATTAATGGTGT
TTTTCAAAGCATAGAAAAGCAAACATATGAAGTAGATATTAAATCATATGGTCTATTTGCACTAAATGAAAAATTAAACAATCATATCTTTAGAGAACTT
TTAAATTTTTATGATTTTGAAGATGCTAGAAAATTATATGTTATAGCTTCTTTAAGAACTATGTTTTCAGATATTAAAAACGAACATTTAAAACATGAAT
ATGATACAAATTTTATTTCTGAAATATACCCAAAATGTGCTTTATCTTCAAACACTATCTCAAGTTTTTTAGAGAAAATAGGTAAATCTAGTTCGAAGAT
GGAAGACTTTATGAATAAAAGATTAGAAGAGTTTTCAAACCACTCAATAGTTATTGATGGTATGTTGAAAAACAATACATCAGAAACTAACATTTTCTCT
GAAATGTCTAGAAAGTCTAGAACTAAAGACTCTCAAAACTTAAACCTTATTTATGCTTATGATATTAATGCACAAGAACCTGTTGCTAGTTCTGTTTACC
CAGGAAATATGCTAGATTACACTGCTTTTAGAGACTTTTTAAGAACTTATGAGATTAAAAATGGATTTTTAATTCTTGATAAAGGATTTGATGATAAAGA
ATGTAAAAACTTGATGAGAGAAAAAAATATTAAATATTTAATCCCTATAAAAATAAATCATACTTTTAAAAAGTTTAATTTAAAATCTGGATTTAATTTC
ACTTTCACTTATGATGACGACACAATAAGAGTAAAGAAAATTATCATCAACAACAAATATTATTTTTGTTATAAATCAACCCTAACTGAAATGGTAGAAA
AGAAAAATTTCATAAGTCGTGCACATAAAAAAGGTGCGTATGATGAAATTAAATTACTAGAAAGAGAAAATCTTTTTGGATTAATAATTTTTGAGTGTAA
TTATGATTTGGACTTAAAAGATATTTATGTCGCGTATAAAAAGAGATGAGAAATTGAATTGCTTTTTAAACAGTTTAAAAATGTGCTTGAACAAAACGAA
GCAAATGTTCAAGGAAACTATAGATTATTAGCAACTGAATTTATTAACTTTTTATCTTCAATTATGCTTTGCAGAATAAAAAACCACCTATTAAATAGTA
GCGTTCTTGACAATAGAACAATTAGTGAAACTTTTAGATATTTATCAAAAATAATCAAGAAGAGAAAGTCTAGAAAAAGAGAAGAATGAGATGATGTTGA
AACATTAAAATATATTAAAGAAATGAAGTCTATTTTAAAAATATAGTGTCCAAAATTGGGAATTTTTTAA
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1413 bp470 aa2341646+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MAIPKDILKISRPSSTRVKTTSKEGIYNVIQRTSIRKNGKIIPVEKGVIGKIINGVFQSIEKQTYEVDIKSYGLFALNEKLNNHIFRELLNFYDFEDARK
LYVIASLRTMFSDIKNEHLKHEYDTNFISEIYPKCALSSNTISSFLEKIGKSSSKMEDFMNKRLEEFSNHSIVIDGMLKNNTSETNIFSEMSRKSRTKDS
QNLNLIYAYDINAQEPVASSVYPGNMLDYTAFRDFLRTYEIKNGFLILDKGFDDKECKNLMREKNIKYLIPIKINHTFKKFNLKSGFNFTFTYDDDTIRV
KKIIINNKYYFCYKSTLTEMVEKKNFISRAHKKGAYDEIKLLERENLFGLIIFECNYDLDLKDIYVAYKKRWEIELLFKQFKNVLEQNEANVQGNYRLLA
TEFINFLSSIMLCRIKNHLLNSSVLDNRTISETFRYLSKIIKKRKSRKREEWDDVETLKYIKEMKSILKI

 

Blast result :
Comments
ISMmy1 is 38% aa similar to IS1634. There are at least 8 copies of this sequence with Accession numbers : AY036086 ; AY036087 ; AY036088 ; AY036089 ; AY036089 ; AY036090 ; AY036091 ; AY036092. There are some mutations in these copies.
References
1] Westberg,J., Persson,A., Pettersson,B., Uhlen,M. and Johansson,K.-E. (2001) Direct submission GenBank.