ISMmy1
- Family IS1634
- Group
Isoform Synonym(s) ISMmy1-A
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
AY036085 | ND | Mycoplasma mycoides | Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC |
DNA section
IS Length : 1670 bp
Ends
IR Length : 29/30
IRL : TTAAAAAATTCTCAATTTTGGACACTATATAATTTTAATAATTTACTAAA
IRR : TTAAAAAATTCCCAATTTTGGACACTATATTTTTAAAATAGACTTCATTT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|
DNA sequence
TTAAAAAATTCTCAATTTTGGACACTATATAATTTTAATAATTTACTAAAAAATTCTTATTTTCGTCCATTAAATACATTAAAATATCTAAATAATTAAA
TTTTCTTAAATTTAGAGCTAAAAAAGCTCTATTTTTTTTCCAATTTCATTTTAAAAAAGTTTAAAAAATTAAAAATAGGTGGTAAAATAAATATATATGT
ATAGTGTTTAACACATAAAAAAGAGATATAAAAATGGCCATTCCTAAAGACATATTAAAAATTTCAAGACCATCTAGTACTAGAGTAAAAACAACATCAA
AAGAAGGTATTTATAATGTTATACAAAGAACATCAATAAGAAAAAATGGAAAAATTATTCCTGTTGAAAAAGGAGTAATTGGAAAGATTATTAATGGTGT
TTTTCAAAGCATAGAAAAGCAAACATATGAAGTAGATATTAAATCATATGGTCTATTTGCACTAAATGAAAAATTAAACAATCATATCTTTAGAGAACTT
TTAAATTTTTATGATTTTGAAGATGCTAGAAAATTATATGTTATAGCTTCTTTAAGAACTATGTTTTCAGATATTAAAAACGAACATTTAAAACATGAAT
ATGATACAAATTTTATTTCTGAAATATACCCAAAATGTGCTTTATCTTCAAACACTATCTCAAGTTTTTTAGAGAAAATAGGTAAATCTAGTTCGAAGAT
GGAAGACTTTATGAATAAAAGATTAGAAGAGTTTTCAAACCACTCAATAGTTATTGATGGTATGTTGAAAAACAATACATCAGAAACTAACATTTTCTCT
GAAATGTCTAGAAAGTCTAGAACTAAAGACTCTCAAAACTTAAACCTTATTTATGCTTATGATATTAATGCACAAGAACCTGTTGCTAGTTCTGTTTACC
CAGGAAATATGCTAGATTACACTGCTTTTAGAGACTTTTTAAGAACTTATGAGATTAAAAATGGATTTTTAATTCTTGATAAAGGATTTGATGATAAAGA
ATGTAAAAACTTGATGAGAGAAAAAAATATTAAATATTTAATCCCTATAAAAATAAATCATACTTTTAAAAAGTTTAATTTAAAATCTGGATTTAATTTC
ACTTTCACTTATGATGACGACACAATAAGAGTAAAGAAAATTATCATCAACAACAAATATTATTTTTGTTATAAATCAACCCTAACTGAAATGGTAGAAA
AGAAAAATTTCATAAGTCGTGCACATAAAAAAGGTGCGTATGATGAAATTAAATTACTAGAAAGAGAAAATCTTTTTGGATTAATAATTTTTGAGTGTAA
TTATGATTTGGACTTAAAAGATATTTATGTCGCGTATAAAAAGAGATGAGAAATTGAATTGCTTTTTAAACAGTTTAAAAATGTGCTTGAACAAAACGAA
GCAAATGTTCAAGGAAACTATAGATTATTAGCAACTGAATTTATTAACTTTTTATCTTCAATTATGCTTTGCAGAATAAAAAACCACCTATTAAATAGTA
GCGTTCTTGACAATAGAACAATTAGTGAAACTTTTAGATATTTATCAAAAATAATCAAGAAGAGAAAGTCTAGAAAAAGAGAAGAATGAGATGATGTTGA
AACATTAAAATATATTAAAGAAATGAAGTCTATTTTAAAAATATAGTGTCCAAAATTGGGAATTTTTTAA
TTTTCTTAAATTTAGAGCTAAAAAAGCTCTATTTTTTTTCCAATTTCATTTTAAAAAAGTTTAAAAAATTAAAAATAGGTGGTAAAATAAATATATATGT
ATAGTGTTTAACACATAAAAAAGAGATATAAAAATGGCCATTCCTAAAGACATATTAAAAATTTCAAGACCATCTAGTACTAGAGTAAAAACAACATCAA
AAGAAGGTATTTATAATGTTATACAAAGAACATCAATAAGAAAAAATGGAAAAATTATTCCTGTTGAAAAAGGAGTAATTGGAAAGATTATTAATGGTGT
TTTTCAAAGCATAGAAAAGCAAACATATGAAGTAGATATTAAATCATATGGTCTATTTGCACTAAATGAAAAATTAAACAATCATATCTTTAGAGAACTT
TTAAATTTTTATGATTTTGAAGATGCTAGAAAATTATATGTTATAGCTTCTTTAAGAACTATGTTTTCAGATATTAAAAACGAACATTTAAAACATGAAT
ATGATACAAATTTTATTTCTGAAATATACCCAAAATGTGCTTTATCTTCAAACACTATCTCAAGTTTTTTAGAGAAAATAGGTAAATCTAGTTCGAAGAT
GGAAGACTTTATGAATAAAAGATTAGAAGAGTTTTCAAACCACTCAATAGTTATTGATGGTATGTTGAAAAACAATACATCAGAAACTAACATTTTCTCT
GAAATGTCTAGAAAGTCTAGAACTAAAGACTCTCAAAACTTAAACCTTATTTATGCTTATGATATTAATGCACAAGAACCTGTTGCTAGTTCTGTTTACC
CAGGAAATATGCTAGATTACACTGCTTTTAGAGACTTTTTAAGAACTTATGAGATTAAAAATGGATTTTTAATTCTTGATAAAGGATTTGATGATAAAGA
ATGTAAAAACTTGATGAGAGAAAAAAATATTAAATATTTAATCCCTATAAAAATAAATCATACTTTTAAAAAGTTTAATTTAAAATCTGGATTTAATTTC
ACTTTCACTTATGATGACGACACAATAAGAGTAAAGAAAATTATCATCAACAACAAATATTATTTTTGTTATAAATCAACCCTAACTGAAATGGTAGAAA
AGAAAAATTTCATAAGTCGTGCACATAAAAAAGGTGCGTATGATGAAATTAAATTACTAGAAAGAGAAAATCTTTTTGGATTAATAATTTTTGAGTGTAA
TTATGATTTGGACTTAAAAGATATTTATGTCGCGTATAAAAAGAGATGAGAAATTGAATTGCTTTTTAAACAGTTTAAAAATGTGCTTGAACAAAACGAA
GCAAATGTTCAAGGAAACTATAGATTATTAGCAACTGAATTTATTAACTTTTTATCTTCAATTATGCTTTGCAGAATAAAAAACCACCTATTAAATAGTA
GCGTTCTTGACAATAGAACAATTAGTGAAACTTTTAGATATTTATCAAAAATAATCAAGAAGAGAAAGTCTAGAAAAAGAGAAGAATGAGATGATGTTGA
AACATTAAAATATATTAAAGAAATGAAGTCTATTTTAAAAATATAGTGTCCAAAATTGGGAATTTTTTAA
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1413 bp | 470 aa | 234 | 1646 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MAIPKDILKISRPSSTRVKTTSKEGIYNVIQRTSIRKNGKIIPVEKGVIGKIINGVFQSIEKQTYEVDIKSYGLFALNEKLNNHIFRELLNFYDFEDARK
LYVIASLRTMFSDIKNEHLKHEYDTNFISEIYPKCALSSNTISSFLEKIGKSSSKMEDFMNKRLEEFSNHSIVIDGMLKNNTSETNIFSEMSRKSRTKDS
QNLNLIYAYDINAQEPVASSVYPGNMLDYTAFRDFLRTYEIKNGFLILDKGFDDKECKNLMREKNIKYLIPIKINHTFKKFNLKSGFNFTFTYDDDTIRV
KKIIINNKYYFCYKSTLTEMVEKKNFISRAHKKGAYDEIKLLERENLFGLIIFECNYDLDLKDIYVAYKKRWEIELLFKQFKNVLEQNEANVQGNYRLLA
TEFINFLSSIMLCRIKNHLLNSSVLDNRTISETFRYLSKIIKKRKSRKREEWDDVETLKYIKEMKSILKI
LYVIASLRTMFSDIKNEHLKHEYDTNFISEIYPKCALSSNTISSFLEKIGKSSSKMEDFMNKRLEEFSNHSIVIDGMLKNNTSETNIFSEMSRKSRTKDS
QNLNLIYAYDINAQEPVASSVYPGNMLDYTAFRDFLRTYEIKNGFLILDKGFDDKECKNLMREKNIKYLIPIKINHTFKKFNLKSGFNFTFTYDDDTIRV
KKIIINNKYYFCYKSTLTEMVEKKNFISRAHKKGAYDEIKLLERENLFGLIIFECNYDLDLKDIYVAYKKRWEIELLFKQFKNVLEQNEANVQGNYRLLA
TEFINFLSSIMLCRIKNHLLNSSVLDNRTISETFRYLSKIIKKRKSRKREEWDDVETLKYIKEMKSILKI
Blast result :
Comments
ISMmy1 is 38% aa similar to IS1634. There are at least 8 copies of this sequence with Accession numbers : AY036086 ; AY036087 ; AY036088 ; AY036089 ; AY036089 ; AY036090 ; AY036091 ; AY036092. There are some mutations in these copies.
References
1] Westberg,J., Persson,A., Pettersson,B., Uhlen,M. and Johansson,K.-E. (2001) Direct submission GenBank.