ISMhp1
- Family IS1634
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
AF272977 | ND | Mycoplasma hyopneumoniae | Mycoplasma hyopneumoniae |
DNA section
IS Length : 1910 bp
Ends
IR Length : 20/21
IRL : CCTGAGTTTCCCAGTTTGATGGCGAAAATTCACTTTTTAGTGAATATGAA
IRR : CCCGAGTTTCCCAGTTTGATGAGATAATTTTAAAAAAGTGTCCGGTTTCC
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TAAACAATCT | AGAAATTTTTAAAAAAACCTAGGTTTTTTTTAAAAATTTCTTTGAAAACTGAAATTTAGATTAGAACGGCCATATTTTTT | TATATTGTAT | 80 |
DNA sequence
CCTGAGTTTCCCAGTTTGATGGCGAAAATTCACTTTTTAGTGAATATGAATATGCAGAAATCGCCGTAAATCGGTGTTTTTTACCCGTAAAACCTTAATT
TTTATTAATTACAATTAATTACAATTTTAAAGTAATTTTATGGTATAATTATAAATTATGAAAAAGCATAATTTGATTTTGTTTAATGTTTGAGGATCTT
CAAAAGATAAAATATATAAATATGTTGGCTGAACACAAGGTTATGGGAAAGCTCCAAAACGTTGATTTAGTATAGGAAATGTGCAAACTTTGGAAAAAAT
TAATCCAAATGCTATTCAAATTATCAAAGAAAAATTGAAATTATTTTCAAATTTAGATGACAAAGATAAAATCAAGACAACTTTACTTGATTCTCTTAAA
AATTCTGCCATAATCGAAGGTTCGGTTTTTATTGGTGGGGAATTAATTGAAAAACTTATTGAAAAGCACAATATTTTTGAATCACTTCCTAAAAGTAGGC
ATAAAAATATGAAACAAATTTTTAACTACTTAATTTCAAAGCGAATTACTGATCCTGGTAGCATTATTAATGCTTTTGATAAAAAGGATGATTACTCAAA
TCAAATAAATACTTCCAAAAATAGCTTTTATAGACTCTTAGATCTTGTCTATGAATCACAAAATCAACTTTTAGATAGTCTTAACAAAATGGTTATAAGC
GAGCTTGGAAAAAGGGACAATGAATTTTATTTTGATTCATCAACAGTCTATTTTGAGACATTTGAAAGAAATGGATTAAGAATTCCTGGCTATTCTAAAG
ATGCTAAATTCAAAGAAGATCAAATTGTCATTGCTTTAGCATGCGATAAAAATGGCATTCCTTTTCATATTAAAGTTTTTAAAGGAAATACAGCCGATTC
TAGTACGCTAATCCCTTTTGTATTAGATATTGAATCCAAATATAATATCAAAAATATGACAATAATTGCTGACCGTGGCATGTCCACTGCTGCAAATATT
CGATTTCTTGAATCAAAAGAATATAATTTCATTATTTCTTATCGTGCAAAGATAGGCAGTCAAAAATTTAAAGATTATTTATTAGATCCTAGCGATTATG
TTGATGTAAATGCAGATTTTAAGTATAAAAAAGAAGAATTTTATTCATCTTATAAAAATAAAAGATACACTGAAAATATTAGAAGAAGAGTTATTACTTA
CAGTAAAAAAAGAGCAATAAAAGACAGCAAGGCTCGCGAAGAGCAAATCCAAAGTTTTATTAAAAAACAAAATAAAGATGGTTTTATTGAAGTAAACAAA
TTGTTTGGTAAAAAACCTAAATATTTTAGGGAAATTTCAAATATGAAATTTGAATTAGATCAAAGTAAAATTGACAAGGACAAACAATTTGATGGTTACT
ATGTCTATGAAACAAATATACTAAATTTAAATGTCTTAGACATAGTTGAAAAATACCAAAAACAGTGAAATATTGAAGCTAATTTTAGAAGTCTAAAAGG
TTTATTGAATATTCGTCCTGTATTTTTAAGAATAGATGAGCATATCCTAGCTCATACATTTTTGTGCTTTATCTCATTAGTTATTTTAAAAACTATAATT
TTTAAAATCAACAAACATATTAGTGATAACAAGTTATTTGCAAACAGTCAATTAACTGAAGTTGGTTTAGTAACGATGTTGCAAAAATTAAGACAAAGGG
TTGAATTTAACACTTTAGATCAACAAATGATATTTAAAAATCGCGATGGTGTTCCTAGCAATCCCAATATTTGAAATAGGTATGATTTCTACTTTGATAT
CTTAATAAATCAGTAAAAAAATAGGTAATTAACTTTTGGCAAAAAACTTAAAAAAGCACGGGAAACCGGACACTTTTTTAAAATTATCTCATCAAACTGG
GAAACTCGGG
TTTATTAATTACAATTAATTACAATTTTAAAGTAATTTTATGGTATAATTATAAATTATGAAAAAGCATAATTTGATTTTGTTTAATGTTTGAGGATCTT
CAAAAGATAAAATATATAAATATGTTGGCTGAACACAAGGTTATGGGAAAGCTCCAAAACGTTGATTTAGTATAGGAAATGTGCAAACTTTGGAAAAAAT
TAATCCAAATGCTATTCAAATTATCAAAGAAAAATTGAAATTATTTTCAAATTTAGATGACAAAGATAAAATCAAGACAACTTTACTTGATTCTCTTAAA
AATTCTGCCATAATCGAAGGTTCGGTTTTTATTGGTGGGGAATTAATTGAAAAACTTATTGAAAAGCACAATATTTTTGAATCACTTCCTAAAAGTAGGC
ATAAAAATATGAAACAAATTTTTAACTACTTAATTTCAAAGCGAATTACTGATCCTGGTAGCATTATTAATGCTTTTGATAAAAAGGATGATTACTCAAA
TCAAATAAATACTTCCAAAAATAGCTTTTATAGACTCTTAGATCTTGTCTATGAATCACAAAATCAACTTTTAGATAGTCTTAACAAAATGGTTATAAGC
GAGCTTGGAAAAAGGGACAATGAATTTTATTTTGATTCATCAACAGTCTATTTTGAGACATTTGAAAGAAATGGATTAAGAATTCCTGGCTATTCTAAAG
ATGCTAAATTCAAAGAAGATCAAATTGTCATTGCTTTAGCATGCGATAAAAATGGCATTCCTTTTCATATTAAAGTTTTTAAAGGAAATACAGCCGATTC
TAGTACGCTAATCCCTTTTGTATTAGATATTGAATCCAAATATAATATCAAAAATATGACAATAATTGCTGACCGTGGCATGTCCACTGCTGCAAATATT
CGATTTCTTGAATCAAAAGAATATAATTTCATTATTTCTTATCGTGCAAAGATAGGCAGTCAAAAATTTAAAGATTATTTATTAGATCCTAGCGATTATG
TTGATGTAAATGCAGATTTTAAGTATAAAAAAGAAGAATTTTATTCATCTTATAAAAATAAAAGATACACTGAAAATATTAGAAGAAGAGTTATTACTTA
CAGTAAAAAAAGAGCAATAAAAGACAGCAAGGCTCGCGAAGAGCAAATCCAAAGTTTTATTAAAAAACAAAATAAAGATGGTTTTATTGAAGTAAACAAA
TTGTTTGGTAAAAAACCTAAATATTTTAGGGAAATTTCAAATATGAAATTTGAATTAGATCAAAGTAAAATTGACAAGGACAAACAATTTGATGGTTACT
ATGTCTATGAAACAAATATACTAAATTTAAATGTCTTAGACATAGTTGAAAAATACCAAAAACAGTGAAATATTGAAGCTAATTTTAGAAGTCTAAAAGG
TTTATTGAATATTCGTCCTGTATTTTTAAGAATAGATGAGCATATCCTAGCTCATACATTTTTGTGCTTTATCTCATTAGTTATTTTAAAAACTATAATT
TTTAAAATCAACAAACATATTAGTGATAACAAGTTATTTGCAAACAGTCAATTAACTGAAGTTGGTTTAGTAACGATGTTGCAAAAATTAAGACAAAGGG
TTGAATTTAACACTTTAGATCAACAAATGATATTTAAAAATCGCGATGGTGTTCCTAGCAATCCCAATATTTGAAATAGGTATGATTTCTACTTTGATAT
CTTAATAAATCAGTAAAAAAATAGGTAATTAACTTTTGGCAAAAAACTTAAAAAAGCACGGGAAACCGGACACTTTTTTAAAATTATCTCATCAAACTGG
GAAACTCGGG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1659 bp | 552 aa | 159 | 1817 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MKKHNLILFNVWGSSKDKIYKYVGWTQGYGKAPKRWFSIGNVQTLEKINPNAIQIIKEKLKLFSNLDDKDKIKTTLLDSLKNSAIIEGSVFIGGELIEKL
IEKHNIFESLPKSRHKNMKQIFNYLISKRITDPGSIINAFDKKDDYSNQINTSKNSFYRLLDLVYESQNQLLDSLNKMVISELGKRDNEFYFDSSTVYFE
TFERNGLRIPGYSKDAKFKEDQIVIALACDKNGIPFHIKVFKGNTADSSTLIPFVLDIESKYNIKNMTIIADRGMSTAANIRFLESKEYNFIISYRAKIG
SQKFKDYLLDPSDYVDVNADFKYKKEEFYSSYKNKRYTENIRRRVITYSKKRAIKDSKAREEQIQSFIKKQNKDGFIEVNKLFGKKPKYFREISNMKFEL
DQSKIDKDKQFDGYYVYETNILNLNVLDIVEKYQKQWNIEANFRSLKGLLNIRPVFLRIDEHILAHTFLCFISLVILKTIIFKINKHISDNKLFANSQLT
EVGLVTMLQKLRQRVEFNTLDQQMIFKNRDGVPSNPNIWNRYDFYFDILINQ
IEKHNIFESLPKSRHKNMKQIFNYLISKRITDPGSIINAFDKKDDYSNQINTSKNSFYRLLDLVYESQNQLLDSLNKMVISELGKRDNEFYFDSSTVYFE
TFERNGLRIPGYSKDAKFKEDQIVIALACDKNGIPFHIKVFKGNTADSSTLIPFVLDIESKYNIKNMTIIADRGMSTAANIRFLESKEYNFIISYRAKIG
SQKFKDYLLDPSDYVDVNADFKYKKEEFYSSYKNKRYTENIRRRVITYSKKRAIKDSKAREEQIQSFIKKQNKDGFIEVNKLFGKKPKYFREISNMKFEL
DQSKIDKDKQFDGYYVYETNILNLNVLDIVEKYQKQWNIEANFRSLKGLLNIRPVFLRIDEHILAHTFLCFISLVILKTIIFKINKHISDNKLFANSQLT
EVGLVTMLQKLRQRVEFNTLDQQMIFKNRDGVPSNPNIWNRYDFYFDILINQ
Blast result :
Comments
ISMhp1 is 62%aa similar to IS1634.
References
1] Calcutt,M.J. and Wise,K.S.(2000) Direct submission GenBank.