ISMbov6
- Family IS30
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
CP002513 | ND | Mycoplasma bovis | Mycoplasma bovis Hubei-1 |
DNA section
IS Length : 1415 bp
Ends
IR Length : 29/34
IRL : CCTATTTTGCTTGATTGTAAGTTCAAGTGCAACACCAATTAAGGTAAAAT
IRR : CCTATTTTCCATAAATGAAAGTTCAAGTGCAACATATGTGCTTGGCTTTT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
GGCTTAAATACAAACCT | TAGGCTTAAATACAA | 0 |
DNA sequence
CCTATTTTGCTTGATTGTAAGTTCAAGTGCAACACCAATTAAGGTAAAATTTAATTGTGGAGCACTTGAATTTTTAAACAAAAAAAGTTCCACACTTGGC
AGTAGGAAACTTTCATATGAATTATACTAAAAATTATAATCATCTAACATATGATGAACGTGCATTTATTGAAATTCAAATAAAATCTGGGTATTCTATT
AGATCTATAGCTAGACAGTTAAACAGAAGTCCATCCACAGTAAGTCGCGAATTAAAACGCAACACTGCTTTTAGCGGTTCATATCAATGTAAAATAGCAG
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CCCTTGATTTCAAACAAGGGGTAGATGTGGCATACGCCACATATTATGCAAAAATGCTATAATAAAAAAGCCAAGCACATATGTTGCACTTGAACTTTCA
TTTATGGAAAATAGG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1017 bp | 338 aa | 117 | 1133 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MNYTKNYNHLTYDERAFIEIQIKSGYSIRSIARQLNRSPSTVSRELKRNTAFSGSYQCKIAEQKALNRHSHKYLFKFTSNFEYAEFEKFFLEKFDKRFYG
IVATARYIKQTFPNIASPSIRTIFNWIKTRKWKLKPRDRLRIFYKKGGKRTASVVSRLIGDSHYVYPIWARPKYIDLREEYGHWESDLIIGKRSNGYDNV
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VQLDDVVNQINEMPRKILNWQKPIELFKLANDYGVVLN
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Blast result :
Comments
ISMbov6 is 61% aa similar to IS1630.
References
1] ISfinder submission (2018)
2] Li,Y., Zheng,H., Liu,Y., Jiang,Y., Xin,J., Chen,W. and Song,Z. (2011) PLoS ONE 6 (6), E20999.
2] Li,Y., Zheng,H., Liu,Y., Jiang,Y., Xin,J., Chen,W. and Song,Z. (2011) PLoS ONE 6 (6), E20999.