ISMbov5
- Family IS1634
- Group
Isoform Synonym(s) ISMbov4
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
CP002513 | ND | Mycoplasma bovis | Mycoplasma bovis Hubei-1 |
DNA section
IS Length : 2418 bp
Ends
IR Length : 21/26
IRL : CATCATAAAAAAATTTAATTTTATTTATTTTTCTATCCAAATTTTGTGTT
IRR : CATCATAAAAACATTTTTTTACATTTTCTAAACTTGTATAAGTACTAGAT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
AAAATGCTGCTAATGT | AAAACAAGTTTTT | 0 |
DNA sequence
CATCATAAAAAAATTTAATTTTATTTATTTTTCTATCCAAATTTTGTGTTATAATATAGTTATAATGCTATATATTTAGGAGAATTTTAAAATGGCAATT
CCAGTTGAAATAAGACAAGTTGAAAGACCTAAAAACACAGTTGTAAAGAACTACTTTGGAAAATTTAAAGTTGTAAAAAGAACCAGCAAGTATGTGAATG
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GAAAAGCAATTCCAAAAGATTTGGCAATTGTTGGCGAAATAGTAGATTACAAATTTGTTCCTTTTGAAACACCTGTCCCAGTTGGTACAAGATCTAAGAA
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AATAATAAAAGCAATTAAGAATGATTTATTTGAAATTAATTTTCAACATGAAATAACTAATTTAGAATCTATAGATAAAATCTTTTTGCACTTTAATAAT
GATGCAAATAATGTTGTAAGAATTGCTTATTATTTGCATTATTATTGCAACCAAATTCTAAATAATAAATCTAGTACTTATACAAGTTTAGAAAATGTAA
AAAAATGTTTTTATGATG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1434 bp | 477 aa | 92 | 1525 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MAIPVEIRQVERPKNTVVKNYFGKFKVVKRTSKYVNGKAIPKDLAIVGEIVDYKFVPFETPVPVGTRSKKNQEKTDIKDYGNIAIFTKNSNDILEKLLTH
FDSSTAYKLYVIAILRCAYPKAVNRDLKFYYETSFMSELFKKVGLSESLLPDFFEKTGRAYSNIHNFMLDRINEFKGRVQIIDGTLKSYNSDEATFSQWS
RKGKVKDSENFTLLYTCDLYTKEPIYHRPYQGNMLDSTIFEDFLENVPSTGEILIADKGFRTKAITELLEQNKNVKYLLPLKRNTTLIRAEKLDENLAPV
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Blast result :
Comments
ISMbov5 is 53% aa similar to ISMmy1.
In Mycoplasma bovis strain HB0801-P115 (Accession number : CP007589), this IS is named ISMbov4.
In Mycoplasma bovis strain HB0801-P115 (Accession number : CP007589), this IS is named ISMbov4.
References
1] ISfinder submission (2018)
2] Li,Y., Zheng,H., Liu,Y., Jiang,Y., Xin,J., Chen,W. and Song,Z. (2011) PLoS ONE 6 (6), E20999.
2] Li,Y., Zheng,H., Liu,Y., Jiang,Y., Xin,J., Chen,W. and Song,Z. (2011) PLoS ONE 6 (6), E20999.