ISMyr1
- Family IS1595
- Group ISSod11
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
CP010327 | ND | Myroides sp. | Myroides sp. A21 |
DNA section
IS Length : 956 bp
Ends
IR Length : 19/24
IRL : TTGAGTTATTAAATTAACTTCCGTATTTTAGTGTCTTAAAATCAATAGTA
IRR : TTGAGTTATCTGTTTAGCTTCCGTTAATCATATTTAAAGAAGTTGGTTTT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
GTTGTTTTCTGAA | TCAATTAA | TATAACTAGACCTTG | 8 |
DNA sequence
TTGAGTTATTAAATTAACTTCCGTATTTTAGTGTCTTAAAATCAATAGTATGGAAATTTTTAAGGGTCAAAACCTTCTGAACTTAGTAAAAGAACTACCA
GATGACGAATCTTGTAAAGCTTATTTAAGCAAAATAAAGTGGTCAAATGGTTTTACATGTGTAAAATGTGGTCACCAAAAAGGTTGTTTAAAAACTAATC
ATTCATACTATTGTTATAATTGTGAACATGTTGAGAGTTCAACGGCTAATACCCTATTTCACAAAGTCAAATTTGGTTTGCAAAAAGCATTTATGATTGT
GTTTGAAATGACAACTTCTACAAAAAGTATCTCAAGTATTCAAATGGGTAAGCGTTATGGTATAAGCCAACCAACAGCATGGGGATTTATGCATAAAGTA
CGTATAGCTATGCAAAGTAGTGAACAGTATCCTATGACTGAAACAGTTCATGTAGATGAGTTTGTTGTGGGAGGATATGAACAAGGTAAACCAGGGAGAA
GTTATGATAGCAAAAAGACTAAAGCTGTGATAGCTGTGGAATTAAATACTCAAAGCAAAGTAAAAAGAGCCTACGTTAAGTGTATTGATGATTACTCAGC
TAAGTCATTAACTACTATATTCGAACAACATATTTCACAAGATGCTAATGTAGTTACAGATAAATGGAGAGGGTACAATCCTTTGAAAAAGAAATATAAT
ATTACTCAAAAAGAAAGTGATAAAGGAGCTAATTTTAAAGAATTACATGTAATAATTCACCAACTCAAGTCATGGATTAGGACAGTACCTTCACATATCC
ATAAGAAATATATCCAAGCTTACTTTAATGAATTCGTATATAGGTTAAATAGATCCTTATTTAAGGAAACAATTTTTCATAACACAATTGTTAAGATGGT
TAAGGCAAAACCAACTTCTTTAAATATGATTAACGGAAGCTAAACAGATAACTCAA
GATGACGAATCTTGTAAAGCTTATTTAAGCAAAATAAAGTGGTCAAATGGTTTTACATGTGTAAAATGTGGTCACCAAAAAGGTTGTTTAAAAACTAATC
ATTCATACTATTGTTATAATTGTGAACATGTTGAGAGTTCAACGGCTAATACCCTATTTCACAAAGTCAAATTTGGTTTGCAAAAAGCATTTATGATTGT
GTTTGAAATGACAACTTCTACAAAAAGTATCTCAAGTATTCAAATGGGTAAGCGTTATGGTATAAGCCAACCAACAGCATGGGGATTTATGCATAAAGTA
CGTATAGCTATGCAAAGTAGTGAACAGTATCCTATGACTGAAACAGTTCATGTAGATGAGTTTGTTGTGGGAGGATATGAACAAGGTAAACCAGGGAGAA
GTTATGATAGCAAAAAGACTAAAGCTGTGATAGCTGTGGAATTAAATACTCAAAGCAAAGTAAAAAGAGCCTACGTTAAGTGTATTGATGATTACTCAGC
TAAGTCATTAACTACTATATTCGAACAACATATTTCACAAGATGCTAATGTAGTTACAGATAAATGGAGAGGGTACAATCCTTTGAAAAAGAAATATAAT
ATTACTCAAAAAGAAAGTGATAAAGGAGCTAATTTTAAAGAATTACATGTAATAATTCACCAACTCAAGTCATGGATTAGGACAGTACCTTCACATATCC
ATAAGAAATATATCCAAGCTTACTTTAATGAATTCGTATATAGGTTAAATAGATCCTTATTTAAGGAAACAATTTTTCATAACACAATTGTTAAGATGGT
TAAGGCAAAACCAACTTCTTTAAATATGATTAACGGAAGCTAAACAGATAACTCAA
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
890 bp | 297 aa | 54 | 943 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MEIFKGQNLLNLVKELPDDESCKAYLSKIKWSNGFTCVKCGHQKGCLKTNHSYYCYNCEHVESSTANTLFHKVKFGLQKAFMIVFEMTTSTKSISSIQMG
KRYGISQPTAWGFMHKVRIAMQSSEQYPMTETVHVDEFVVGGYEQGKPGRSYDSKKTKAVIAVELNTQSKVKRAYVKCIDDYSAKSLTTIFEQHISQDAN
VVTDKWRGYNPLKKKYNITQKESDKGANFKELHVIIHQLKSWIRTVPSHIHKKYIQAYFNEFVYRLNRSLFKETIFHNTIVKMVKAKPTSLNMINGS
KRYGISQPTAWGFMHKVRIAMQSSEQYPMTETVHVDEFVVGGYEQGKPGRSYDSKKTKAVIAVELNTQSKVKRAYVKCIDDYSAKSLTTIFEQHISQDAN
VVTDKWRGYNPLKKKYNITQKESDKGANFKELHVIIHQLKSWIRTVPSHIHKKYIQAYFNEFVYRLNRSLFKETIFHNTIVKMVKAKPTSLNMINGS
Blast result :
Comments
ISMyr1 is 82% aa similar to ISGal1.
References
1] ISfinder annotation (2016)
2] Burghartz,M., Bunk,B., Sproer,C., Voget,S., Daniel,R., Overmann,J. and Jahn,M. (2015) Genome Announc 3 (2).
2] Burghartz,M., Bunk,B., Sproer,C., Voget,S., Daniel,R., Overmann,J. and Jahn,M. (2015) Genome Announc 3 (2).