ISMvi1
- Family IS1595
- Group IS1595
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
LN554852 | ND | Moritella viscosa | Moritella viscosa MVIS1 |
DNA section
IS Length : 1018 bp
Ends
IR Length : 24/31
IRL : TCTGATTaccactaatgctcagccctcgtaaactatagttaagtgagtgt
IRR : tctgaTTACCACCGAACCTCAGCCAGCTTAAGTAGACGTTGAGGCATCGG
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TTGCTTTGTACT | AAAATTTT | TATGTGTACCACTT | 8 |
TAAAAAAGATCA | TTATTTATT | CTCGTGATGAA | 9 |
DNA sequence
TCTGATTACCACTAATGCTCAGCCCTCGTAAACTATAGTTAAGTGAGTGTGGTGATGAGGTTTAGGTCATGGCTAAAAATAAAGTACAGTTTCAAAAAGG
CATATCGATTCATCAATTTATTGAAAAGTACGGCACTGAAATACAGTGTCATAATAACTTATTCGATATGCGTTGGCCGATGGGTTATCGATGTCCTAAT
TGTGACAACAACAAGTACTGTAAACTAAAATCTAGAGCGCTGTATCAATGCAATAAGTGTCATTTTCAAACGTCATTGATATCTGGAACACTTTTCGCTC
ACTCTAAGTTGCCACTAACAACTTGGTTTCTTGCAATATATTTTGTAACGCAAGAAAAGAACGGTATCTCAGCGCTTGAATTATCAAGGTTACTTGGTAT
TTCGTATAACGCAACTTGGCGGTTAAAGCAGAAGCTAATGCAAGCGATGAAAGAACGAGATGATGAAATACCATTAGTTGATTATGTCCAGATAGACGAT
GCTTACTGGGGTGGCGTACGACGTGGTGTTAGAGGCCGTGGAGCCAAAGGAAAACGCCCCTTTATTGCAGCGGTATCAATCAATGATGAAGGGCATCCGA
TTGGTATGCGTTTTAGCGCTGTAGATGGATTCAACAAAGTAGAAATAACGCGTTGGGCTAAAGCCCACTTGACACCGAAGGCGATTGTTATTTCAGATGG
TCTAGCGTGCTTTCGTGCAGTTAAAGATGCCGAGATGCTACATCTTGCAGTTGTTACTGGCGGTGGTCCAGATAGTGTTGAGTGGCCTTACTTTAAATGG
GTTAATACAATGATAAGTAATGTTAAAAACTCAATGCACGGAACTTATCATGCTATTAACCAAAAGCATTTACCTCGATATTTGGCAGAGTTCTGCTTTA
AGTTTAATCGACGGTTTAATTTAAAAAATATGCTTGAGCAGTTAATCGTATCAAGTATTCGAACGGCACCGATGCCTCAACGTCTACTTAAGCTGGCTGA
GGTTCGGTGGTAATCAGA
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TTGGTATGCGTTTTAGCGCTGTAGATGGATTCAACAAAGTAGAAATAACGCGTTGGGCTAAAGCCCACTTGACACCGAAGGCGATTGTTATTTCAGATGG
TCTAGCGTGCTTTCGTGCAGTTAAAGATGCCGAGATGCTACATCTTGCAGTTGTTACTGGCGGTGGTCCAGATAGTGTTGAGTGGCCTTACTTTAAATGG
GTTAATACAATGATAAGTAATGTTAAAAACTCAATGCACGGAACTTATCATGCTATTAACCAAAAGCATTTACCTCGATATTTGGCAGAGTTCTGCTTTA
AGTTTAATCGACGGTTTAATTTAAAAAATATGCTTGAGCAGTTAATCGTATCAAGTATTCGAACGGCACCGATGCCTCAACGTCTACTTAAGCTGGCTGA
GGTTCGGTGGTAATCAGA
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
945 bp | 314 aa | 69 | 1013 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MAKNKVQFQKGISIHQFIEKYGTEIQCHNNLFDMRWPMGYRCPNCDNNKYCKLKSRALYQCNKCHFQTSLISGTLFAHSKLPLTTWFLAIYFVTQEKNGI
SALELSRLLGISYNATWRLKQKLMQAMKERDDEIPLVDYVQIDDAYWGGVRRGVRGRGAKGKRPFIAAVSINDEGHPIGMRFSAVDGFNKVEITRWAKAH
LTPKAIVISDGLACFRAVKDAEMLHLAVVTGGGPDSVEWPYFKWVNTMISNVKNSMHGTYHAINQKHLPRYLAEFCFKFNRRFNLKNMLEQLIVSSIRTA
PMPQRLLKLAEVRW
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Blast result :
Comments
ISMvi1 is 85% aa similar to ISAwo1.
References
1] Thomas Jové (2016) Direct submission.
2] Erik Hjerde (2014) Direct GenBank submission.
2] Erik Hjerde (2014) Direct GenBank submission.