ISMmi1
- Family IS5
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
CP011266 | ND | Methanobrevibacter millerae | Methanobrevibacter millerae SM9 |
DNA section
IS Length : 1251 bp
Ends
IR Length : 14/15
IRL : GGGGTCTGAATTTTTCTGATATAAATTCCGCTTAATTTTTCTTATTTTTT
IRR : GGGGCCTGAATTTTTTAGTTTTCAGATAGTTGTTGTATGGCTGTTTTCGA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
CATTAAACATCAAATATAAATA | TAAATGATATTATAACCAAATAATAAC | 0 |
DNA sequence
GGGGTCTGAATTTTTCTGATATAAATTCCGCTTAATTTTTCTTATTTTTTTAATATTTTATAATGATTAGTTTTGGTTTCTAAAAATACATTTGAATAAT
TCTTAATTTTTAAAAAGGGTACTATAATATCGTTAAATTTAAGTATTATGTGTTACATATATTTATTTGGAGATAAACATGAAACACAGATTAAATTTAG
ATATTAAAGACCCAAATTATACTTTGTTAAAGAAAATATTTAAAATTATTGATTCTAGAAAATCTTTGGAAATTTTAGCATCATATGGATTTAAAAACTT
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CTCGAAAACAGCCATACAACAACTATCTGAAAACTAAAAAATTCAGGCCCC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1059 bp | 352 aa | 179 | 1237 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MKHRLNLDIKDPNYTLLKKIFKIIDSRKSLEILASYGFKNLNKQIFAFKIIFISMFFGLDISFILNELESKKELRDYFKISEILTANQVYKIFSQQNPEN
LLKALNRVLNHQNKVKRRGKKTFIVDATPVDLDFNFNRNKKTKEHLKTLNLKWSYSSSKGFYIGFKATVIIDYDSMNPVSILIHSGAPNDAKLFDEIMEN
LQKRRIIRKGDTIILDKGYYSYKNYQLGISKYKIVPFIFPKDNFNKTKLNDQLSYPLQVFNKTKKILAQKQFYNNLKIELFKKLDDWKKFKPIRGKIEDF
FKLLKQGLNMREIHKYTPKSVTKTVYLNVFLGVLIVSQGFYSKTAIQQLSEN
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Blast result :
Comments
ISMmi1 is 92% aa similar to ISMru1.
References
1] ISfinder annotation (2016)
2] Leahy,S.C., Kelly,W.J., Pacheco,D.M., Li,D., Altermann,E. and Attwood,G.T. (2015) Direct submission GenBank.
2] Leahy,S.C., Kelly,W.J., Pacheco,D.M., Li,D., Altermann,E. and Attwood,G.T. (2015) Direct submission GenBank.