ISMru1
- Family IS5
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_013790 | ND | Methanobrevibacter ruminantium | Methanobrevibacter ruminantium M1 |
DNA section
IS Length : 1252 bp
Ends
IR Length : 13/16
IRL : GGGGCCTGAATTTTTTTATGTATGAAATCGTTCAGATTTTCTATATTTTT
IRR : GGGGCCTGACGATTTTAGTTTTCAGATAATTGTTGTATGGCCGTTTTTGA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
AAAAGAAATT | TA | AAGAGTTTAT | 2 |
ATATGCTATT | TA | AATTATTTTT | 2 |
AAATTATATT | TA | AATAATTATA | 2 |
TAAATCTCTT | TA | AATAATTGTC | 2 |
DNA sequence
GGGGCCTGAATTTTTTTATGTATGAAATCGTTCAGATTTTCTATATTTTTATTCATTACCCTATAAAAATGTATTTATTTCTAAAAATACAATTGTATTA
TTAGTTATATAAAAAAATAGGTCTTTAATATCGTTAAATTTAAATAATATGCTTTACAAATATATTATTGGCGATAATAATGAAGCATAGATTAAATTTA
GATAATAAAGACCCAAATTATATTTTGTTGAAAGAAATATTTAAAATTATGGATTCTAGAAAATCCAAAAGTATATTAGCATCCTATGGATTTAAAAACT
TAAATAGAACAATATTTACTTTTAAAATTATATTTATAAGTATGTTCTTTGGAATTGACATTCCATTCATTTTAAACGAGCTTAAATCCAAAAAAGAACT
TCGCAAATACTTTAATATTTCTGAAGTTTTGACTGCAGATCAAGTTTATAAAATTTTTTCAGAAATAAACTCTGAAAAACTTATAAAATGTTTAAACAGA
ATCTTAAACTCAAGGAATATGGTTAAAAGAAGAGGAAAAAAGACTTTTATTGTTGATGCGACCCCAGTGGACGTAGATATTAATTTCCACAGAAATAAAA
AGACTAAAGAACATCTGGAAAAAATTAATCTCAAATGGAGTTATTCATCCTCTAAAGGTTATTATATTGGATTTAAAGCAACTGTTGTATTAGATTATGA
TTCTATGAATCCTGTTTGTATTTTAGTCCACTCTGGAGCTCCAAACGATGCAAAACTTTTCGAAGAAATTTTAGAAAACCTTCAAAAAAGACGAATAATC
AGAAAAGGAGACACATTAATCTTTGATAAAGGATATTACAGCTATAAAAACTACCAAATCGGAATCAGCAAATACAAAATCATTCCTTTCATTTTTCCAA
AAGAAAAATTCAGCAGAACCCGATTGGATGACATTTTAACTTATCCACTAGCCGTATTTAACAAAACAAAGAGAATAATGAAAGAAAAAAGATTATACAA
CAGTTTAAAAATGGAATTAATGAAAAAAATAGATTCATGGGAAAAATTTAAACCAATAAGGGGCAAAATAGAAGATTTTTTCAAATTATTAAAACAAGGC
TTGAATATGAGAGAAATCCACAAATATACTCCAAAATCAGTAGAAAAAACCGTTTATCTAAATGTATTTTTAGGAGCACTGATTATATCACAAGGATTTT
ACTCAAAAACGGCCATACAACAATTATCTGAAAACTAAAATCGTCAGGCCCC
TTAGTTATATAAAAAAATAGGTCTTTAATATCGTTAAATTTAAATAATATGCTTTACAAATATATTATTGGCGATAATAATGAAGCATAGATTAAATTTA
GATAATAAAGACCCAAATTATATTTTGTTGAAAGAAATATTTAAAATTATGGATTCTAGAAAATCCAAAAGTATATTAGCATCCTATGGATTTAAAAACT
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TCGCAAATACTTTAATATTTCTGAAGTTTTGACTGCAGATCAAGTTTATAAAATTTTTTCAGAAATAAACTCTGAAAAACTTATAAAATGTTTAAACAGA
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CAGTTTAAAAATGGAATTAATGAAAAAAATAGATTCATGGGAAAAATTTAAACCAATAAGGGGCAAAATAGAAGATTTTTTCAAATTATTAAAACAAGGC
TTGAATATGAGAGAAATCCACAAATATACTCCAAAATCAGTAGAAAAAACCGTTTATCTAAATGTATTTTTAGGAGCACTGATTATATCACAAGGATTTT
ACTCAAAAACGGCCATACAACAATTATCTGAAAACTAAAATCGTCAGGCCCC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1059 bp | 352 aa | 180 | 1238 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MKHRLNLDNKDPNYILLKEIFKIMDSRKSKSILASYGFKNLNRTIFTFKIIFISMFFGIDIPFILNELKSKKELRKYFNISEVLTADQVYKIFSEINSEK
LIKCLNRILNSRNMVKRRGKKTFIVDATPVDVDINFHRNKKTKEHLEKINLKWSYSSSKGYYIGFKATVVLDYDSMNPVCILVHSGAPNDAKLFEEILEN
LQKRRIIRKGDTLIFDKGYYSYKNYQIGISKYKIIPFIFPKEKFSRTRLDDILTYPLAVFNKTKRIMKEKRLYNSLKMELMKKIDSWEKFKPIRGKIEDF
FKLLKQGLNMREIHKYTPKSVEKTVYLNVFLGALIISQGFYSKTAIQQLSEN
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Blast result :
Comments
ISMru1 is 58% aa similar to ISMba15.
References
1] ISfinder annotation (2010)
2] Leahy,S.C., Kelly,W.J., Altermann,E., Ronimus,R.S., Yeoman,C.J., Pacheco,D.M., Li,D., Kong,Z., McTavish,S., Sang,C., Lambie,S.C., Janssen,P.H., Dey,D. and Attwood,G.T. (2010) PLoS ONE 5 (1), E8926
2] Leahy,S.C., Kelly,W.J., Altermann,E., Ronimus,R.S., Yeoman,C.J., Pacheco,D.M., Li,D., Kong,Z., McTavish,S., Sang,C., Lambie,S.C., Janssen,P.H., Dey,D. and Attwood,G.T. (2010) PLoS ONE 5 (1), E8926