ISOt5
- Family IS110
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_010793 | ND | Orientia tsutsugamushi | Orientia tsutsugamushi Ikeda |
DNA section
IS Length : 1245 bp
Ends
Left end : TGTATGATAAAAATAAGTGAAATTGCAATAAAATAAAAGATTATAGCAATAGCACAAAAGAAAGCTAGTATACAGTAGCGTTCCTAAGGCTAATAGCCTG
Right end : AATCCTAATGTTTTAATCAATCAGAAATAATAATTTTATAAAAACTTACATCTTTTTTATAAAATTATTATTTCTTTTCTTGATTCTTATCACGGTATCT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
CTGATAGGCTTGGCGTATCT | TGTATGATAAAAATAAGTGA | 0 | |
GCATATATTCGAGCATTCCT | TGACATCCAGCACATCAAAA | 0 | |
TTAATGCATCAGCTAATCCT | ATATATAGTGTCTTTCCACT | 0 | |
TTAATGCATCAGCTAATCCT | ATATGCTTTTTCCTAACAAT | 0 | |
TTAAAGTTGATAATATTCCT | ATAGGTATTGCAATGTTTGC | 0 | |
TGGTTATACCATCTATTCCT | ATAGCTTTCTTGCTATCGAG | 0 | |
TGAAGGTTGATAACATTCCT | ATATGCTTTTTCCTAACAAT | 0 | |
TGAACTGTTTTAGCATACCT | ATAACGTTTTCATTCACAAC | 0 | |
TTAAAGTTGATAATATTCCT | ATAGGTATTGCAATGTTTGC | 0 | |
CTTTAGAAACATCAATTCCT | ATAATTATACTATTCATAAT | 0 |
DNA sequence
TGTATGATAAAAATAAGTGAAATTGCAATAAAATAAAAGATTATAGCAATAGCACAAAAGAAAGCTAGTATACAGTAGCGTTCCTAAGGCTAATAGCCTG
TTCTATAGATAAGTAACTAGCTTTTTTAATTAAAAACCGGACGGTATTCTTAGGCAAAAAGCCTGTATTTACAAGGTTGGTTTTGAGATATTTAACATAA
AATTTGGTGATTATGAATAGTATAATTGTAGGAATTGACGTTTCTAAAGAGACATTTGATGCAGCTGTGTTAATTAATAATAAAGTTCAAACAAGAAAAT
TTAATAATAATTCTGAAGGGTTTAACAAATTAGTAACATGGTTAAAAAGCAGAGGAACTGGACATGTTTGTATGGAAGCAACAGGTATCTACTGGAAAAA
TTTAGCTAAATATCTGTACGATTATGGTTATAAAGTAAGCGTAGTAAATCCTGCCCGTATTAAAGGTTTTGCAATGAGTAAACTTAGTCGTACAAAAACA
GATAAAGCAGACAGTGTATTAATAGCAGATTTTTGCAAAGCAATGAAACCGGAAGCATGGTATCCACAGCCTCTTTATATTCAAGAACTACAGCAGCTAG
TTAATCGCCTGAATGTTTTAATTAAGCATAAAACACAAGAAACAAATAGATTAGAAGGAGCTTCTAAAGCAATTGCTAATAATATTCAAATGCATATTGA
ATTTCTTGAAACACAAATTAAAGAAATTGAACAACTAATCAATGACCATATTAAAAATAACAAAGATCTTCATAATAAGGCTATGTTACTTGAGTCAATA
CCAGGCATAGGAGCAAAAACACAGGCTGTAGTTCTTGCTTTTTTAGCAGATATTGAGAAATTTAGTTCTGCTAAACAAGTTGTAGCTTTTGTAGGTCTTA
ATCCTAAGCATCGTCAATCTGGCAGTTCCGTGCGGGGTGCTAGTAGAATCTCTAGAACTGGTAATTCAGATCTACGTAAGTCTTTTTATATGCCTGCTAT
GTCTGCCTTAAGACATAATTGTATTATCAAGCAATTTTCTCAACGTTTGTCTGATACTGGCAAACCCAAAATGCTTATCCTTATTGCCGCTATGCGTAAG
TTATTACATATCATTTATGGTGTTTTAAAGCATAATTCTCCTTTTAATCCTAATGTTTTAATCAATCAGAAATAATAATTTTATAAAAACTTACATCTTT
TTTATAAAATTATTATTTCTTTTCTTGATTCTTATCACGGTATCT
TTCTATAGATAAGTAACTAGCTTTTTTAATTAAAAACCGGACGGTATTCTTAGGCAAAAAGCCTGTATTTACAAGGTTGGTTTTGAGATATTTAACATAA
AATTTGGTGATTATGAATAGTATAATTGTAGGAATTGACGTTTCTAAAGAGACATTTGATGCAGCTGTGTTAATTAATAATAAAGTTCAAACAAGAAAAT
TTAATAATAATTCTGAAGGGTTTAACAAATTAGTAACATGGTTAAAAAGCAGAGGAACTGGACATGTTTGTATGGAAGCAACAGGTATCTACTGGAAAAA
TTTAGCTAAATATCTGTACGATTATGGTTATAAAGTAAGCGTAGTAAATCCTGCCCGTATTAAAGGTTTTGCAATGAGTAAACTTAGTCGTACAAAAACA
GATAAAGCAGACAGTGTATTAATAGCAGATTTTTGCAAAGCAATGAAACCGGAAGCATGGTATCCACAGCCTCTTTATATTCAAGAACTACAGCAGCTAG
TTAATCGCCTGAATGTTTTAATTAAGCATAAAACACAAGAAACAAATAGATTAGAAGGAGCTTCTAAAGCAATTGCTAATAATATTCAAATGCATATTGA
ATTTCTTGAAACACAAATTAAAGAAATTGAACAACTAATCAATGACCATATTAAAAATAACAAAGATCTTCATAATAAGGCTATGTTACTTGAGTCAATA
CCAGGCATAGGAGCAAAAACACAGGCTGTAGTTCTTGCTTTTTTAGCAGATATTGAGAAATTTAGTTCTGCTAAACAAGTTGTAGCTTTTGTAGGTCTTA
ATCCTAAGCATCGTCAATCTGGCAGTTCCGTGCGGGGTGCTAGTAGAATCTCTAGAACTGGTAATTCAGATCTACGTAAGTCTTTTTATATGCCTGCTAT
GTCTGCCTTAAGACATAATTGTATTATCAAGCAATTTTCTCAACGTTTGTCTGATACTGGCAAACCCAAAATGCTTATCCTTATTGCCGCTATGCGTAAG
TTATTACATATCATTTATGGTGTTTTAAAGCATAATTCTCCTTTTAATCCTAATGTTTTAATCAATCAGAAATAATAATTTTATAAAAACTTACATCTTT
TTTATAAAATTATTATTTCTTTTCTTGATTCTTATCACGGTATCT
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
969 bp | 322 aa | 207 | 1175 | + | No |
Chemistry : DEDD
ORF sequence :
MIMNSIIVGIDVSKETFDAAVLINNKVQTRKFNNNSEGFNKLVTWLKSRGTGHVCMEATGIYWKNLAKYLYDYGYKVSVVNPARIKGFAMSKLSRTKTDK
ADSVLIADFCKAMKPEAWYPQPLYIQELQQLVNRLNVLIKHKTQETNRLEGASKAIANNIQMHIEFLETQIKEIEQLINDHIKNNKDLHNKAMLLESIPG
IGAKTQAVVLAFLADIEKFSSAKQVVAFVGLNPKHRQSGSSVRGASRISRTGNSDLRKSFYMPAMSALRHNCIIKQFSQRLSDTGKPKMLILIAAMRKLL
HIIYGVLKHNSPFNPNVLINQK
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IGAKTQAVVLAFLADIEKFSSAKQVVAFVGLNPKHRQSGSSVRGASRISRTGNSDLRKSFYMPAMSALRHNCIIKQFSQRLSDTGKPKMLILIAAMRKLL
HIIYGVLKHNSPFNPNVLINQK
Blast result :
Comments
ISOt5 is 66% aa similar to ISCARN57.
References
1] Nakayama,K., Yamashita,A., Kurokawa,K., et al. (2008) DNA Res.