ISMha3
- Family IS1595
- Group IS1016
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
DS264616 | ND | Mannheimia haemolytica | Mannheimia haemolytica PHL213 |
DNA section
IS Length : 719 bp
Ends
IR Length : 18
IRL : GGGGCTGTCCTAGATAACGACTAAAACTTCCATTTAGGTTAAGATAACCC
IRR : GGGGCTGTCCTAGATAACTAACCTAACCCCCCTTTAACCAATTGTTTTAA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TGATCTGCCTTTTTATTT | TAA | AAGTAATATAACCGATA | 3 |
DNA sequence
GGGGCTGTCCTAGATAACGACTAAAACTTCCATTTAGGTTAAGATAACCCTATGAGAAAAAGTCGTCTAAGTCAGTACAAACAACATAAACTCATAGAGC
TGTTTGTAGCAGGCGTAATCGCTCGAACAGCCGCAGAGTTAGTGAATGTAAATAAAACCACCGCAGCCTATTATTTTCACCGTTTGCGATTGCTCATCTA
TCAACATAGCCCTCATTTGGAAATGTTTGAGGGAGAAATTGAGATTGATGAGAGCTATTTCGGCGGTCATCGCAAGGGTAAACGAGGTCGTGGTGCAGCA
GGCAAAACCGCCGTATTCGGGCTTTTAAAGCGTGACGGCAAGGTTTATACCGTAGTAGTGCCGAACACACAATCTGCTACACTTTTGCCGATTATTCGGG
AAAAGGTGAAGCCCGATAGCCTTGTTTACACCGATTTTTATCGAAGCTATGATGTGCTTGATGTGAGTGAATTTAACCATTTTCGTATCAATCACAGCAC
ACACTTCGCAGAAAATCAAAATCACATTAACGGAATTGAGAATTTTTGGAGTCAAGCAAAACGTCATTTACGCAAGTTTAATGGTATTCCGAAAGCCCAT
TTTGAGCTATATTTGAAAGAATGCGAATGGCGTTTTAATCACAGTGACTTAAAATCTCAAATATTCCTTTTAAAACAATTGGTTAAAGGGGGGTTAGGTT
AGTTATCTAGGACAGCCCC
TGTTTGTAGCAGGCGTAATCGCTCGAACAGCCGCAGAGTTAGTGAATGTAAATAAAACCACCGCAGCCTATTATTTTCACCGTTTGCGATTGCTCATCTA
TCAACATAGCCCTCATTTGGAAATGTTTGAGGGAGAAATTGAGATTGATGAGAGCTATTTCGGCGGTCATCGCAAGGGTAAACGAGGTCGTGGTGCAGCA
GGCAAAACCGCCGTATTCGGGCTTTTAAAGCGTGACGGCAAGGTTTATACCGTAGTAGTGCCGAACACACAATCTGCTACACTTTTGCCGATTATTCGGG
AAAAGGTGAAGCCCGATAGCCTTGTTTACACCGATTTTTATCGAAGCTATGATGTGCTTGATGTGAGTGAATTTAACCATTTTCGTATCAATCACAGCAC
ACACTTCGCAGAAAATCAAAATCACATTAACGGAATTGAGAATTTTTGGAGTCAAGCAAAACGTCATTTACGCAAGTTTAATGGTATTCCGAAAGCCCAT
TTTGAGCTATATTTGAAAGAATGCGAATGGCGTTTTAATCACAGTGACTTAAAATCTCAAATATTCCTTTTAAAACAATTGGTTAAAGGGGGGTTAGGTT
AGTTATCTAGGACAGCCCC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
651 bp | 216 aa | 52 | 702 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MRKSRLSQYKQHKLIELFVAGVIARTAAELVNVNKTTAAYYFHRLRLLIYQHSPHLEMFEGEIEIDESYFGGHRKGKRGRGAAGKTAVFGLLKRDGKVYT
VVVPNTQSATLLPIIREKVKPDSLVYTDFYRSYDVLDVSEFNHFRINHSTHFAENQNHINGIENFWSQAKRHLRKFNGIPKAHFELYLKECEWRFNHSDL
KSQIFLLKQLVKGGLG
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KSQIFLLKQLVKGGLG
Blast result :
Comments
ISMha3 is 96% aa imilar to ISMha2.
References
1] Gioia,J., Qin,X., Jiang,H., Clinkenbeard,K., Lo,R., Liu,Y., Fox,G.E., Yerrapragada,S., McLeod,M.P., McNeill,T.Z., Hemphill,L., Sodergren,E., Wang,Q., Muzny,D.M., Homsi,F.J., Weinstock,G.M. and Highlander,S.K.(2006) J. Bacteriol. 188 (20), 7257-7266