ISMps1
- Family IS4
- Group ISH8
Isoform Synonym(s) ISSB1
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
AJ305328 | ND | marine psychrotrophic | marine psychrotrophic bacterium Mst37 |
DNA section
IS Length : 1381 bp
Ends
IR Length : 21/24
IRL : CATAGGTTGGATCTTAAGAAAAAAATCAGTTGAAAACATGCTCTGAATTT
IRR : CATAGGTTGGACTTTAAGAAATAATGGGTTTTAACCCGTATTGCAATCGT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
CTGATAGAGT | AACTTTTCAA | ACCCTATCAC | 10 |
DNA sequence
CATAGGTTGGATCTTAAGAAAAAAATCAGTTGAAAACATGCTCTGAATTTGATCTGATAGTAATCTCCAAACCACTATCAATGAGCAAATCAGAGCATGA
ATAAAGATAATACTGAGTTACTGCAAATAACTAAAGTGCTTAATGAATTAAAAATTAATGAAATAGGTAAAAAGGTTAACTTTTGTAACCGAAAACGAAT
TATTAAACCTTTTGAATTGGTGATGTCATTAATCACTGCTTTAGGTGATAAGTCAGTCGATACGGTCACGGATTTACATCGCTATTTTGTAAAGTTAACT
GAAACGGATGTGCAGTATAAGCCTTTTCATAATCAGCTGAGTAAACCGGAATTTGTTGGACTGATAAAAGAGCTAATCGGGGTTGCAGTCAATGATTGGC
AGCAACAAGTACTTGGCACTGAAGTTGAGTTATCAGCCTTTAAAGGTATCGTATTACAAGATGGTAGCTCTTTTGCTGTTCACGATAGCTTAAAAGATAT
TTTCACAGGTCGCTTTACCAAAATTAGCCCTGCAGCCATCGAGGTTCATGTTAGCTGGGACGTATTGAAGGGCTATCCTGAACAAGTCTCTATCAGTCCT
GATAGCCAAGCGGAGTATGACTTCCTACCGGATGCCGACGCATTAGAGGGTAGGTTATTGCTGGCTGACCGAGGTTATTTTAAGCTGTCATATTTAGATG
AGATTGACCAGGCTGGAGGCGCTTATGTTGTACGTGCCAAAACAACAGTTAACCCGATGGTTGTTGCCGGATTCAATAAAGCGGGTAAGCCATTAAAACG
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GGCAAATTGAGCTCCTCTTTAAAGAGTGGAAATCATATTGTAACTTACAAAAGTTTAACACTCGAAAAGCGACAATGATGGAAGGATTGGTCTGGAGTAG
TTTACTCTCATTGTTAGTTAAACGACGTATAGGGTTAAGTGTTCAGCAACTTACAGGCGTTGAGTTGTCGACGTTTATGGTTGCTAAAAATACACAGGGT
TGGTTTTATCCACTGATGGAATTAATAACGCAAAACATATTATCGAAGCTCAAAAAAACGTGGAAAAGCACAATTCATTTTCTGTCAAAATATGCCAAAC
GGGCACACCCTGACAGAGATAAAAAAACGGGACGATTGCAATACGGGTTAAAACCCATTATTTCTTAAAGTCCAACCTATG
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GGGCACACCCTGACAGAGATAAAAAAACGGGACGATTGCAATACGGGTTAAAACCCATTATTTCTTAAAGTCCAACCTATG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1269 bp | 423 aa | 97 | 1365 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MNKDNTELLQITKVLNELKINEIGKKVNFCNRKRIIKPFELVMSLITALGDKSVDTVTDLHRYFVKLTETDVQYKPFHNQLSKPEFVGLIKELIGVAVND
WQQQVLGTEVELSAFKGIVLQDGSSFAVHDSLKDIFTGRFTKISPAAIEVHVSWDVLKGYPEQVSISPDSQAEYDFLPDADALEGRLLLADRGYFKLSYL
DEIDQAGGAYVVRAKTTVNPMVVAGFNKAGKPLKRFQKIKQKAVKKHIRRSGIVDMDVEGKTNYRLIASWPEGKDEPTYWATNLDREQFSAEKVMKLYQL
RWQIELLFKEWKSYCNLQKFNTRKATMMEGLVWSSLLSLLVKRRIGLSVQQLTGVELSTFMVAKNTQGWFYPLMELITQNILSKLKKTWKSTIHFLSKYA
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KRAHPDRDKKTGRLQYGLKPIIS
Blast result :
Comments
ISMps1 is 60% aa similar to ISUnCu5. Multiple sequence alignments revealed a conserved DDE motif : D(N2)-68-D(N3)-113-E(C1).ISMps1 has been described as a novel insertion sequence in the operator of the TetE determinant of a marine psychrotrophic bacterium.
References
1] De Palmenaer D, Siguier P, Mahillon J (2008) BMC Evol Biol , 8(1):18
2] Sorum,H., Berg,I. and Fjeldahl,I. (2001) Unpublished
2] Sorum,H., Berg,I. and Fjeldahl,I. (2001) Unpublished