ISMyma5
- Family IS481
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
ND | Mycobacterium marinum | Mycobacterium marinum M |
DNA section
IS Length : 1838 bp
Ends
IR Length : 37/50
IRL : TGTGCGATTCCGGTTCATGCTTGACGTTTGGGTTCCGGTTGCTGTTTGAC
IRR : TGTCAAGTTTCGGTACCCGCTTGACGGATGAGTTCCGGTAGGTGCTTTAC
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|
DNA sequence
TGTGCGATTCCGGTTCATGCTTGACGTTTGGGTTCCGGTTGCTGTTTGACGGTTTGGGGACGCGGTTTCGGTAGGTGTGCGACAGCAGTTCCGGTAGGTG
CTTTACACCCGGCGTGTTGCCGCTGGTGGCGGTGAGTTCTTTCGTGGTCGTGGGTGGACTGCGGAAGGGGCCGGCATGTTGCAGGAGCTGCGGATGTCCG
AAATGCGGTATCGGGCGGTGCTGGAGGTGTTGGACGGAGCGCCGGTGACCGCGGTTGCCCGTCGGTTCGGGGTGTCGCGCCAGACGGTGCATGCCTGGTT
GCGCCGGTACGCCGAGGAGGGTGCGGCGCTGAATTTGGAGGACCGGTCTTCGCGTCCACATCGGTGTCCGCATCAGATGCCAGTCGAGGTGGAGGCGCGG
GTGTTGACGTTGCGTGATGCCCATCCGCGGTGGGGCCCGACCCGCATCGTCTACGAGCTGCAGCGCGACGGTGTGCCGGTGGTGCCGGGTCGTTCCAGTG
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GTGGCAGATGGACGTGGTCGGCGGGCTGCATCTGCGCGATGGCATCGAGGTCAAGGTGGTGACCGGCATCGACGACAATTCCCGGTTCGTGGTGTCGGCG
AAGGTGGTCGCGCGGGCGACGGCACGGCCGGTCTGTGCGGCGCTGTTGGAGGCGCTGCGCCGCCACGGGGTGCCCGAGCAGATCCTGACTGACAACGGCA
AGGTGTTCACCGGCCGGTTCGGCCCGGGTGGCTCCAGTGCGGAGGTGCTCTTTGACCGGGTGTGTGTGGAGAACGGCATCGGGCATTTGTTGACCGCTCC
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TTGCAGGCCGCGATAGACCGGTGGGTGCAGTACTACAACACCGCGCGCCCGCATCAATCGTTGGGGATGGTGGCGCCGGCGGCCCGGTTCGCGTTGGCGG
CCGGTCCGGATCTCAGCGTCGTCGAGCCGGTCGCGGCAGTCCCAGCCGAGGGGCAGCACCCGGGGGCGCTGGTGGATCTGCGCGATGCCGGCGTGCGCCG
CTGGGTGAATCGGCATGGGTCGATCAGTGTGGCGGGTTTTCGGTACCGGGTACCAATCGTGCTGGCCGGAGAGCCGGTGTCGGTGGTGGTGGCCGACAAC
CTGGTGTCGATCTATCACCATGACGTGCTGGTGGCCTCGCACGTGCAGCACCGCAAGACCGACAACACGACGGGAGTGGTCCGGCAGGGCCGGCGGACGG
CGCGGCCGGTCACCAGCGGGATCGTGGTGACCCGGGTGGTCGACAGCAACGGTGATGTCTCGTTCGCGGGGACGATGTATCGGGCCGGAAGGGTGTGGCG
GGGAAAGCAAGTCGAGGTGTCGATCGTGGCGGAGTCAGTGCAGATCGCGTGCGCGGGAGCGATCGTGCGGACCCATGCCATCCGCCATGACCGGGCCAAG
GAACACGGCGCCTTCGCCACCCCGCATGGTCGTCCCCGCAAGCCGCGCCAGGATGCGCCGGAGGGTCCCGGGGTCAAGGCCACGCCGCTGCGCGGTCGGC
CCGAGGGTCGAGCCTTGACCCCGGCCCCTTGACCGGCGCCCACCGCACCGACGCGGGAAACGCCCTTAACCACCAAGGCCCACGCCCTGTAAAGCACCTA
CCGGAACTCATCCGTCAAGCGGGTACCGAAACTTGACA
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CCGAGGGTCGAGCCTTGACCCCGGCCCCTTGACCGGCGCCCACCGCACCGACGCGGGAAACGCCCTTAACCACCAAGGCCCACGCCCTGTAAAGCACCTA
CCGGAACTCATCCGTCAAGCGGGTACCGAAACTTGACA
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1557 bp | 518 aa | 176 | 1732 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MLQELRMSEMRYRAVLEVLDGAPVTAVARRFGVSRQTVHAWLRRYAEEGAALNLEDRSSRPHRCPHQMPVEVEARVLTLRDAHPRWGPTRIVYELQRDGV
PVVPGRSSVYRALVRNGRIDPAKRRRRRSDYKRWERGRPMELWQMDVVGGLHLRDGIEVKVVTGIDDNSRFVVSAKVVARATARPVCAALLEALRRHGVP
EQILTDNGKVFTGRFGPGGSSAEVLFDRVCVENGIGHLLTAPRSPTTTGKVERLHKTMRAEIFAEVDGVFDAIAELQAAIDRWVQYYNTARPHQSLGMVA
PAARFALAAGPDLSVVEPVAAVPAEGQHPGALVDLRDAGVRRWVNRHGSISVAGFRYRVPIVLAGEPVSVVVADNLVSIYHHDVLVASHVQHRKTDNTTG
VVRQGRRTARPVTSGIVVTRVVDSNGDVSFAGTMYRAGRVWRGKQVEVSIVAESVQIACAGAIVRTHAIRHDRAKEHGAFATPHGRPRKPRQDAPEGPGV
KATPLRGRPEGRALTPAP
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KATPLRGRPEGRALTPAP
Blast result :
Comments
ISMyma5 is 67% aa similar to ISMav2.
References
1] Stinear T. (2006) Direct submission.