ISMma20
- Family IS1634
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_003901 | ND | Methanosarcina mazei | Methanosarcina mazei Go1 |
DNA section
IS Length : 1593 bp
Ends
IR Length : 13/16
IRL : CCTGACTTTGACAGTAATATAAAAATAAGTGCTCTTTGTTTTGTGTTGTT
IRR : CCTAAGTTTGACAGCATCCACTAATTGATACTTTATTTTTCCCTTCTTTT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
ACTTCTTTCAGCTTCATAT | TTTCAT | CAGGCTTTCCTGTCCATTCA | 6 |
DNA sequence
CCTGACTTTGACAGTAATATAAAAATAAGTGCTCTTTGTTTTGTGTTGTTTGGTAAAATGAACATCACAAAACATAGAGCCTTCCCTACAATTCCTAACA
AGAATATATGTGTTCCTATCGGACCGATTCTTGCCGTCCAACTCTTTTATGAAAAGCTTAATTTCTGTGACATTTTTAGCAAGCATAAAAGCAAAGGTCT
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ATTTTTATAAAATTGAACGAATTGTCAAGTCAAATTGGGACAAAAAAGAAGGGAAAAATAAAGTATCAATTAGTGGATGCTGTCAAACTTAGG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1431 bp | 476 aa | 58 | 1488 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MNITKHRAFPTIPNKNICVPIGPILAVQLFYEKLNFCDIFSKHKSKGLDLNSLIIGLLSYKLTENFSIKEAGKWLNQKEILDILNLEQFHERVLYRTLEL
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Blast result :
Comments
ISMma20 is 92% aa similar to ISMac23.
References
1] Deppenmeier,U., Johann,A., Hartsch,T., Merkl,R., Schmitz,R.A., Martinez-Arias,R., Henne,A., Wiezer,A., Baumer,S., Jacobi,C., Bruggemann,H., Lienard,T., Christmann,A., Bomeke,M., Steckel,S., Bhattacharyya,A., Lykidis,A., Overbeek,R., Klenk,H.P., Gunsalus,R.P., Fritz,H.J. and Gottschalk,G. (2002) J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 4 (4), 453-461