ISMma19
- Family IS200/IS605
- Group IS605
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_003901 | ND | Methanosarcina mazei | Methanosarcina mazei Go1 |
DNA section
IS Length : 1708 bp
Ends
Left end : ATGACGAAGCGTAAAACCCCTGAGTCTTTAGCTCAGGGGATATAAGCGTCAACTTCAACCCTGATTCCGTATGTAATATTCTGCCGCCTCTTTACTAACG II struct. : Yes
Right end : CACCTGCGGAACGTGGGGAAGAGCTTGGGGACTTGCCCTCAATAGAGGGAGGAATGAACCAAGAAGCCCATTAAATCTTTAGATTTAGTGGGTAGTTCAC II struct. : Yes
Insertion site
Left flank | LE cleavage site | Right flank | RE cleavage site |
---|---|---|---|
ATTTTGGAAAT | TTAT | TTTCCGGACT | tcac |
DNA sequence
ATGACGAAGCGTAAAACCCCTGAGTCTTTAGCTCAGGGGATATAAGCGTCAACTTCAACCCTGATTCCGTATGTAATATTCTGCCGCCTCTTTACTAACG
TTTCCGATAGTAGACGCAAAATATCCATCACTCCATAACGTATTTTCACCCCAATAATACTTTTCCAGATAATCTTTTTGAGTTTTCCACAATCGGTTTG
TCGATTCTTGTTTCAATTTTCTGACAATTGACAAAACACTAACTTTCGGTTCACTCTTAATCAGGAAATGGATATGGTCTTTGTCTGTTTCCATTTCAAG
GATTTCAAAGTTTGACTCTTTTGAAATGTCAATCATAATCTGTTTTAGTTCTTCGCTAATCGGTTCAAGTATGACTTTTCGGTATTTGCAAACAAAAATA
ACATGGTACATTAACAAAAATTTTCTATGATTCCGTGTTTCATACTTCATATTTACTAAAAAGTACATATGTTGTTAAAGAGCATAATACCTTGTATGGT
GAAAGCGTTCAAATTTAGACTCTATCCTACAACTGCACAAGCTGTTCAATTGAATCAGCATATAGGTAGCTGTAGATTTGTCTACAATTGGGCGTTGGAT
CAAAAAATTAAAACTTACGAACAAACAGGAAAATCAATTTCCAGATTTGACTTAAACAAATTAATTCCTACTCTAAAGGCTTCTAATGAATGGTTAGGTG
AAGTCAACTCTCAATCATTACAGGGGATGACTAAGCAGGTTGAATCTGCTTTCACTCGGTTTTTTAGAGGGAAGACCGGATTCCCTAAGTTTAAGTCTAA
GAAAAATCCTATACAATCTTTCCCTGTACCTCAGCACTACTCCGTAGACTTTGAAAAAAACACTATTAAGCTTCCTAAAATAGAACCAATTAAAGCAGTT
TTTCACCGGAAGTTTGAAGGAGAACTTAAAACAGCTACGGTATCAAGGACTTGTAAAGGGCATTACTATATCAGTATCCTTGTTGAAGATGGTAAAGAAC
TTCCAGTAAAGGAAGCTTTCGCAGAATCAACAACAATAGGAATTGATGTAGGTATCAAAGATTTTGCAGTTCTTTCTAATGGAGAAAAAATTGAAAATCC
TAAGTACCTGAAAAACTCTCTTAAGAGGCTTAAAGTTCTTCAGAAAAGAGTTTCGAAGAAACAAAAAGGCTCTAAGAATAGGGCAAAAGCTAAACAAAGA
CTTGCTGTACTCCATGATAAAATAACTAATCAGAGAAATGATTTCCAGAACAAACTCTCTTTTAAACTGATAAGCGAAAACCAAGCTGTAGCTCTGGAAA
CATTAAATGTTAAAGGCATGGTTAAGAATCATCATTTAGCACAGTCTATTAGTGATTCTGCATGGAGTAGTTTTGTAACAAAGTTAGAATATAAGGCTGA
ATGGTTCGGGAAAACTATCTTAAGAATCGGACAATTTGAACCATCTTCCAAGCTCTGTAGTGTATGTGGATACCACAATAAAGAGCTTCAGTTAAAAGAC
AGGGAATGGACTTGTCCTGACTGTAAAACAAAACATGATAGAGACATTAATGCCGCTATCAATATCAAGAAATTTGCTCTCGTAGATCAAAATCTAATTG
GATTGTAACACCTGCGGAACGTGGGGAAGAGCTTGGGGACTTGCCCTCAATAGAGGGAGGAATGAACCAAGAAGCCCATTAAATCTTTAGATTTAGTGGG
TAGTTCAC
TTTCCGATAGTAGACGCAAAATATCCATCACTCCATAACGTATTTTCACCCCAATAATACTTTTCCAGATAATCTTTTTGAGTTTTCCACAATCGGTTTG
TCGATTCTTGTTTCAATTTTCTGACAATTGACAAAACACTAACTTTCGGTTCACTCTTAATCAGGAAATGGATATGGTCTTTGTCTGTTTCCATTTCAAG
GATTTCAAAGTTTGACTCTTTTGAAATGTCAATCATAATCTGTTTTAGTTCTTCGCTAATCGGTTCAAGTATGACTTTTCGGTATTTGCAAACAAAAATA
ACATGGTACATTAACAAAAATTTTCTATGATTCCGTGTTTCATACTTCATATTTACTAAAAAGTACATATGTTGTTAAAGAGCATAATACCTTGTATGGT
GAAAGCGTTCAAATTTAGACTCTATCCTACAACTGCACAAGCTGTTCAATTGAATCAGCATATAGGTAGCTGTAGATTTGTCTACAATTGGGCGTTGGAT
CAAAAAATTAAAACTTACGAACAAACAGGAAAATCAATTTCCAGATTTGACTTAAACAAATTAATTCCTACTCTAAAGGCTTCTAATGAATGGTTAGGTG
AAGTCAACTCTCAATCATTACAGGGGATGACTAAGCAGGTTGAATCTGCTTTCACTCGGTTTTTTAGAGGGAAGACCGGATTCCCTAAGTTTAAGTCTAA
GAAAAATCCTATACAATCTTTCCCTGTACCTCAGCACTACTCCGTAGACTTTGAAAAAAACACTATTAAGCTTCCTAAAATAGAACCAATTAAAGCAGTT
TTTCACCGGAAGTTTGAAGGAGAACTTAAAACAGCTACGGTATCAAGGACTTGTAAAGGGCATTACTATATCAGTATCCTTGTTGAAGATGGTAAAGAAC
TTCCAGTAAAGGAAGCTTTCGCAGAATCAACAACAATAGGAATTGATGTAGGTATCAAAGATTTTGCAGTTCTTTCTAATGGAGAAAAAATTGAAAATCC
TAAGTACCTGAAAAACTCTCTTAAGAGGCTTAAAGTTCTTCAGAAAAGAGTTTCGAAGAAACAAAAAGGCTCTAAGAATAGGGCAAAAGCTAAACAAAGA
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GATTGTAACACCTGCGGAACGTGGGGAAGAGCTTGGGGACTTGCCCTCAATAGAGGGAGGAATGAACCAAGAAGCCCATTAAATCTTTAGATTTAGTGGG
TAGTTCAC
Protein section
ORF number : 2
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
414 bp | 137 aa | 468 | 55 | - | No |
Chemistry : Y1
ORF sequence :
MYFLVNMKYETRNHRKFLLMYHVIFVCKYRKVILEPISEELKQIMIDISKESNFEILEMETDKDHIHFLIKSEPKVSVLSIVRKLKQESTNRLWKTQKDY
LEKYYWGENTLWSDGYFASTIGNVSKEAAEYYIRNQG
LEKYYWGENTLWSDGYFASTIGNVSKEAAEYYIRNQG
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1140 bp | 379 aa | 469 | 1608 | + | No |
AG : TnpB
ORF sequence :
MLLKSIIPCMVKAFKFRLYPTTAQAVQLNQHIGSCRFVYNWALDQKIKTYEQTGKSISRFDLNKLIPTLKASNEWLGEVNSQSLQGMTKQVESAFTRFFR
GKTGFPKFKSKKNPIQSFPVPQHYSVDFEKNTIKLPKIEPIKAVFHRKFEGELKTATVSRTCKGHYYISILVEDGKELPVKEAFAESTTIGIDVGIKDFA
VLSNGEKIENPKYLKNSLKRLKVLQKRVSKKQKGSKNRAKAKQRLAVLHDKITNQRNDFQNKLSFKLISENQAVALETLNVKGMVKNHHLAQSISDSAWS
SFVTKLEYKAEWFGKTILRIGQFEPSSKLCSVCGYHNKELQLKDREWTCPDCKTKHDRDINAAINIKKFALVDQNLIGL
GKTGFPKFKSKKNPIQSFPVPQHYSVDFEKNTIKLPKIEPIKAVFHRKFEGELKTATVSRTCKGHYYISILVEDGKELPVKEAFAESTTIGIDVGIKDFA
VLSNGEKIENPKYLKNSLKRLKVLQKRVSKKQKGSKNRAKAKQRLAVLHDKITNQRNDFQNKLSFKLISENQAVALETLNVKGMVKNHHLAQSISDSAWS
SFVTKLEYKAEWFGKTILRIGQFEPSSKLCSVCGYHNKELQLKDREWTCPDCKTKHDRDINAAINIKKFALVDQNLIGL
Blast result :
Comments
ISMma19 is 93% (ORF A) AND 95% (ORF B) aa similar to ISMac7.
References
1] Deppenmeier,U., Johann,A., Hartsch,T., Merkl,R., Schmitz,R.A., Martinez-Arias,R., Henne,A., Wiezer,A., Baumer,S., Jacobi,C., Bruggemann,H., Lienard,T., Christmann,A., Bomeke,M., Steckel,S., Bhattacharyya,A., Lykidis,A., Overbeek,R., Klenk,H.P., Gunsalus,R.P., Fritz,H.J. and Gottschalk,G. (2002) J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 4 (4), 453-461